インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方

インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方

• インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自動でパスが通っていますのでどこからでも使えます。
• ソフトウェア にあって、パスが通っていないもの（which で見つからないもの）は、一度 module コマンドを使ってパスを通していただく必要があります。

Modules

• module コマンドで指定のソフトウェア環境を読み込むことができます
• ソフトウェアのバージョン違いを切り替えられます

コマンド	説明
module list	ロード済み module 一覧
module avail	利用可能な module 一覧
module show [module_file_name]	module の内容表示
module load [module_file_name]	module のロード
module unload [module_file_name]	module のアンロード
module switch [module_file_name1] [module_file_name2]	module の切り替え（module_file_name1→module_file_name2）

• 利用可能 module の確認

$ module avail
----------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -----------------------------------------------------------------------
chkfeature  dot         module-cvs  module-info modules     null        python/2.7  use.own
---------------------------------------------------------------------------- /bio/etc/modulefiles ----------------------------------------------------------------------------
CAP3/122107               allpathslg/51503          blast+/2.4.0              clustalo/1.2.0            mafft/7.205               muscle/3.8.31
EMBOSS/6.3.1              allpathslg/51511          blast+/2.5.0              clustalw/1.83             mafft/7.212               njplot/2.4
EMBOSS/6.6.0              allpathslg/51630          blat/35                   clustalw2/2.1             mafft/7.213               openmpi/1.6.5
Gblocks/0.91b             allpathslg/51646          boost/1.55.0              cufflinks/2.1.1           mafft/7.215               openmpi/1.7.4.gcc
MUMmer/3.23               allpathslg/51828          bowtie/1.0.0              cufflinks/2.2.0           mafft/7.220               paup/4b10
Phrap/0.990329            allpathslg/51875          bowtie/1.0.1              cufflinks/2.2.1           mafft/7.221               perl/5.18.1threaded
SOAP/1.11                 allpathslg/51910          bowtie/1.1.0              dbget/4.7                 mafft/7.245               phylip/3.695
SOAP/2.21                 allpathslg/51927          bowtie/1.1.1              discovardenovo/52488      mafft/7.273               phyml/3.1
SOAPdenovo/r240           allpathslg/52037          bowtie/1.1.2              fasta/36.3.6d             mafft/7.294               samtools/0.1.19
TGICL/2.1                 allpathslg/52188          bowtie2/2.1.0             fasta/36.3.6f             meme/4.10.0               samtools/1.2
Trinityrnaseq/2.0.2       allpathslg/52293          bowtie2/2.2.0             fasta/36.3.7              meme/4.10.0_1             samtools/1.3.1
Trinityrnaseq/2.2.0       allpathslg/52353          bowtie2/2.2.1             fasta/36.3.7a             meme/4.10.0_2             sratoolkit/2.3.4-2
Trinityrnaseq/2.3.2       allpathslg/52415          bowtie2/2.2.2             fasta/36.3.8              meme/4.10.0_4             t_coffee/10.00.r1613
Trinityrnaseq/r20131110   allpathslg/52485          bowtie2/2.2.3             fastx_toolkit/0.0.13      mpich/3.0.4.gcc           t_coffee/9.01
Trinityrnaseq/r20140413   allpathslg/52488          bowtie2/2.2.4             gcc/4.7.3                 mpich/3.0.4.icc           tophat/2.0.10
Trinityrnaseq/r20140413p1 bamtools/2.3.0            bowtie2/2.2.5             genemark/2.5p             mpich/3.1.gcc             tophat/2.0.11
Trinityrnaseq/r20140717   bcftools/1.2              bowtie2/2.2.6             genscan                   mpich/3.1.icc             tophat/2.0.12
abyss/1.3.7               bcftools/1.3.1            bowtie2/2.2.7             glimmer/3.02              mrbayes/3.2.2             tophat/2.0.13
abyss/1.5.0               bio                       bowtie2/2.2.9             hmmer/3.1b1               mrbayes/3.2.2.mpi.gcc     tophat/2.0.14
abyss/1.5.1               blast/2.2.26              bwa/0.7.10                htslib/1.2.1              mrbayes/3.2.3             tophat/2.1.0
abyss/1.5.2               blast+/2.2.28             bwa/0.7.12                htslib/1.3.1              mrbayes/3.2.3.mpi.gcc     tophat/2.1.1
abyss/1.9.0               blast+/2.2.29             bwa/0.7.15                jemalloc/4.2.0            mrbayes/3.2.4             tree-puzzle/5.2.mpich.gcc
allpathslg/51298          blast+/2.2.30             bwa/0.7.5a                lasts/1.02                mrbayes/3.2.4.mpi.gcc     velvet/1.2.10
allpathslg/51363          blast+/2.2.31             bwa/0.7.7                 mafft/7.182               mrbayes/3.2.5
allpathslg/51427          blast+/2.3.0              bwa/0.7.9a                mafft/7.187               mrbayes/3.2.5.mpi.gcc

• Trinitirnaseq 2.3.2 を使う場合

$ module load Trinityrnaseq/2.3.2