ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用

ジョブ管理システム

• 複数のユーザが平等に計算機資源（メモリ, CPU）を使うためのしくみです。
• ジョブが投入された順番に空いている資源を利用して実行していきます。
• データ解析をする場合は、基本的にこのジョブ管理システムを利用してください
• 実行したい処理を シェルスクリプト シェルスクリプト入門へのリンク　に書き、qsub コマンドの引数にして実行させます。
• ここでは「PBS　PBSユーザーズガイドへのリンク」というジョブ投入のシステムを採用しています。
• この資料も参考にしてください。 SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法
• 説明会資料もご覧ください
  • 生物情報解析システム Ver.５利用者説明会

• 残念なお知らせですが、cat キューは終了となりました

利用可能なキュー

キュー一覧

	分散並列処理型 : parallel distributed processing				共有メモリ型 : shared memory
queue	small (default)	medium	large	blast	smps	smpm	smpl
ジョブの特徴	短時間・並列多	中規模	長時間	BLAST nr/nt only	中メモリ	大メモリ	最大メモリ
Avairable hosts	bias5-node01~node20	bias5-node01~node20	bias5-node01~node20	bias5-node01~node20	bias5-smp	bias5-smp	bias5-smp
Max. execution time / job	6hr	72hr	no limit	72hr	no limit	no limit	no limit
Max. memory usage / job	96GB	96GB	96GB	188GB	500GB	1TB	3TB
Max.num of running jobs / queue	no limit	no limit	no limit	no limit	16	6	2
Max. num of running cpus / queue	580	200	20	120	48	48	36
Max. num of running cpus / host	40				72
Max.num of running jobs / user.server	480
Max.num of running jobs / user.queue	300	150	10	80	no limit	no limit	no limit
Default num of CPUs	1	1	1	20	1	1	1
Default memory size	3.5GB	3.5GB	3.5GB	98GB	250GB	500GB	1500GB

• キューの稼働状況はこちらをご覧ください[1]
• キューを指定しない場合、デフォルトでは「small」で実行されます。
• 480個以上のジョブを投入すると481個目からは待ち状態になります。アレイジョブも同様

実行例

BLAST実行ジョブ（シェルスクリプト）の例　(ファイル名：blast.job)　（下記の「ジョブスクリプトオプション」も参考にしてください）

#!/usr/bin/bash
#PBS -q small
#PBS -l ncpus=4
#PBS -J 1-10
 cd ${PBS_O_WORKDIR}
 blastx -db nr -i -num_threads ${NCPUS} -query /home/xxx/sample.fa.${PBS_ARRAY_INDEX}  -o /home/xxx/sample.out.${PBS_ARRAY_INDEX}

ジョブをPBSで実行（qsubコマンドにジョブファイルを渡す）

$ qsub blast.job

全ユーザのジョブの様子を見る

$ qstat

特定ユーザのジョブの様子を見る

$ qstat -u user_name

3日前までに終了したジョブ番号 job_id のジョブ履歴を確認する

$ tracejob -n3 job_id

PBSコマンド早見表

投入後のジョブにコマンドを発行できるのは、ジョブを投入したユーザのみです。詳しいオプションはmanコマンドなどで確認してください。

コマンド	説明
qsub	ジョブを投入する
qstat	全ジョブの状態を表示する
qstat -Q	全キューの状態を表示する
qstat -u "user_name"	指定ユーザのジョブとキューの状態を表示する（デフォルトは全員分表示）
qstat -rn1	実行中の全ジョブとその詳細を表示する（アレイジョブ以外）
qstat -J -t -rn1	実行中の全アレイジョブとその詳細を表示する
qstat -t job-ID[]	指定したIDのアレイジョブの詳細を表示する（IDに括弧 [] をつけること）
qstat -f job-ID	指定したIDのジョブ詳細を表示する
qdel job-ID	指定したIDのジョブを削除する
qdel -Wforce job-ID	指定したIDのジョブを強制的に削除する
qhold job-ID	指定したIDのジョブ（待機中のみ）をホールドする
qrls job-ID	ホールド状態のジョブをリリースする
qhost	各ノードの状態を表示する
qmod -sj job-ID	実行中のジョブをサスペンドする
qmod -usj job-ID	サスペンド中のジョブを再実行する
qmod -cj job-ID	エラーになったジョブを再実行する
tracejob -nDAY job-ID	DAY日間以内に終了したjob-IDの履歴を表示

ジョブスクリプトオプション早見表

オプション	説明
#PBS -o filename	標準出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#PBS -e filename	標準エラー出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#PBS -q queue_name	キューを指定してジョブを実行
#PBS -V	現在の環境を引き継ぐ
#PBS -v 環境変数名=環境変数	環境変数をジョブに渡す。書き方例：JAVA_HOME="/home/xxxxx/jdk-1.8.1" ここで元の環境変数を参照することはできない。つまり PATH=/home/xxxxx/bin:$PATH 等と書いても「$PATH」は無視される
#PBS -N job_name	ジョブ名を指定する
#PBS -s shell_name	ジョブスクリプトを指定したシェルで実行
#PBS -a MMDDhhmm	ジョブの開始日時を指定
#PBS -l mem=8G	ジョブが使うリソース量を指定：メモリを8GBまで使う
#PBS -l ncpus=8	ジョブが使うリソース量を指定：CPU 8スレッドを使う
#PBS -l select=1:ncpus=10	ジョブが使うリソース量を指定：1ノードを用いて10スレッド使う
#PBS -J 開始番号-終了番号	アレイジョブを実行　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96