「分子生物学データベース」の版間の差分
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*生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧 | *生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧 | ||
**BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db | **BLAST用データベースへのパス： <code>/bio/db/blast/db</code> | ||
**diamond用データベースへのパス： <code>/bio/db/diamond/db</code> | |||
**フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas | **フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas | ||
**このほか、[[KEGG データベース]]が利用可能です。 | **このほか、[[KEGG データベース]]が利用可能です。 | ||
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<tr><td>RefSeq Nuc.</td><td>refnuc</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq Nuc.</td><td>refnuc</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq Pep.</td><td>refpep</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq Pep.</td><td>refpep</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq Protein</td><td>refseq_protein</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq Protein</td><td>refseq_protein</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq Genomic</td><td>refseq_genomic</td><td>ゲノム配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq Genomic</td><td>refseq_genomic</td><td>ゲノム配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq RNA</td><td>refseq_rna</td><td>RNA塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq RNA</td><td>refseq_rna</td><td>RNA塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
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<tr><td>env_nt</td><td>env_nt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>env_nt</td><td>env_nt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
<tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
<tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST, diamond </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>UniProt</td><td>uniprot</td><td>TrEMBL + Swissprot </td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>UniProt</td><td>uniprot</td><td>TrEMBL + Swissprot </td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>TrEMBL</td><td>trembl</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>TrEMBL</td><td>trembl</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>Swissprot </td><td>swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>Swissprot </td><td>swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>env_nr </td><td>env_nr</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>env_nr </td><td>env_nr</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
2021年6月16日 (水) 08:23時点における版
- 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス：
/bio/db/blast/db - diamond用データベースへのパス：
/bio/db/diamond/db - フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
- このほか、KEGG データベースが利用可能です。
- BLAST用データベースへのパス：
| データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
| GenBank | genbank | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
| GenBank-upd | genbank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| EMBL | embl | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
| EMBL-upd | embl-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq | refseq | refnuc + refpep | DBGET | 日々 |
| RefSeq Nuc. | refnuc | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq Pep. | refpep | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq Protein | refseq_protein | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
| RefSeq Genomic | refseq_genomic | ゲノム配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
| RefSeq RNA | refseq_rna | RNA塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
| EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nt | env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST, diamond | 定期 |
| UniProt | uniprot | TrEMBL + Swissprot | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
| Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
| pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| PDB | pdb | タンパク質立体構造 | DBGET | 定期 |