ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用

ジョブ管理システム

• 複数のユーザが平等に計算機資源（メモリ, CPU）を使うためのしくみです。
• 投入された順番に空いている資源を利用して実行していきます。
• データ解析をする場合は、基本的にこのジョブ管理システムを利用してください
• 実行したい処理を シェルスクリプト シェルスクリプト入門へのリンク　に書き、qsub コマンドの引数にして実行させます。
• ここでは「PBS　PBSユーザーズガイドへのリンク」というジョブ投入のシステムを採用しています。
  
  
  • 残念なお知らせですが、cat キューは終了となりました

利用可能なキュー

キュー一覧

	分散並列処理型 : parallel distributed processing			共有メモリ型 : shared memory
queue	small (default)	medium	large	smps	smpm	smpl
ジョブの特徴	短時間・並列多	中規模	長時間	中メモリ	大メモリ	最大メモリ
Avairable hosts	bias5-node01~node20	bias5-node01~node20	bias5-node01~node20	bias5-smp	bias5-smp	bias5-smp
Max. execution time / job	6hr	72hr	no limit	no limit	no limit	no limit
Max. memory usage / job	96GB	96GB	96GB	500GB	1TB	3TB
Max.num of running jobs / queue	no limit	no limit	no limit	12	6	2
Max. num of running cpus / queue	580	200	20	48	48	36
Max. num of running cpus / host	40			72
Max.num of running jobs / user.server	480
Max.num of running jobs / user.queue	400	150	10	no limit	no limit	no limit
Default num of CPUs	1	1	1	1	1	1
Default memory size	3GB	3GB	3GB	250GB	500GB	1500GB

• キューの稼働状況はこちらをご覧ください[1]
• キューを指定しない場合、デフォルトでは「small」で実行されます。
• 480個以上のジョブを投入すると481個目からは待ち状態になります。アレイジョブも同様

実行例

BLAST実行ジョブ（シェルスクリプト）の例　(ファイル名：blast.job)　（下記の「ジョブスクリプトオプション」も参考にしてください）

#!/bin/sh
#PBS -q small
#PBS -v BLASTDB="/bio/db/blast/db"
#PBS -v BLASTMAT="/bio/db/blast/matrix"
#PBS -l ncpus=4
#PBS -J 1-10
 cd ${PBS_O_WORKDIR}
 blastx -db nr -i -numthreads ${NCPUS} -query /home/xxx/sample.fa.${PBS_ARRAY_ID}  -o /home/xxx/sample.out.${PBS_ARRAY_ID}

ジョブをPBSで実行（qsubコマンドにジョブファイルを渡す）

$ qsub blast.job

全ユーザのジョブの様子を見る

$ qstat

特定ユーザのジョブの様子を見る

$ qstat -u user_name

3日前までに終了したジョブ番号 job_id のジョブ履歴を確認する

$ tracejob -n3 job_id

PBSコマンド早見表

投入後のジョブにコマンドを発行できるのは、ジョブを投入したユーザのみです。詳しいオプションはmanコマンドなどで確認してください。

コマンド	説明
qsub	ジョブを投入する
qstat	ジョブとキューの状態を表示する
qstat -u "user_name"	指定ユーザのジョブとキューの状態を表示する（デフォルトは全員分表示）
qdel job-ID	指定したIDのジョブを削除する
qhold job-ID	指定したIDのジョブ（待機中のみ）をホールドする
qrls job-ID	ホールド状態のジョブをリリースする
qhost	各ノードの状態を表示する
qmod -sj job-ID	実行中のジョブをサスペンドする
qmod -usj job-ID	サスペンド中のジョブを再実行する
qmod -cj job-ID	エラーになったジョブを再実行する
tracejob -nDAY job-ID	DAY日間以内に終了したjob-IDの履歴を表示

ジョブスクリプトオプション早見表

オプション	説明
#PBS -o filename	標準出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#PBS -e filename	標準エラー出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#PBS -q queue_name	キューを指定してジョブを実行
#PBS -cwd	qsubした時のディレクトリに移動してジョブを実行
#PBS -V	現在の環境を引き継ぐ
#PBS -v 環境変数名=環境変数	環境変数をジョブに渡す。書き方例：JAVA_HOME="/home/xxxxx/jdk-1.8.1" ここで元の環境変数を参照することはできない。つまり PATH=/home/xxxxx/bin:$PATH 等と書いても「$PATH」は無視される
#PBS -N job_name	ジョブ名を指定する
#PBS -s shell_name	ジョブスクリプトを指定したシェルで実行
#PBS -a MMDDhhmm	ジョブの開始日時を指定
#PBS -l resource_name 値	ジョブが使うリソース量を指定する
#PBS -J 開始番号-終了番号	アレイジョブを実行　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96