RCCS-smp

3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました

• キュー名が異なります
• 使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。
• メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください
• 詳しくは
  • 説明会資料[1]
  • https://ccportal.ims.ac.jp/QuickStart

リソース指定の書き方

• 1.5TBメモリを使う（最大同時実行2ジョブ）

#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48

• 3TBメモリを使う（同時利用1ジョブ）

#PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96

ジョブの投入方法

• 必ず -q HB と付けてキューを指定する

jsub -q HB jobfile.sh

消費点数

• 1.5TBメモリ（48ncpus）使用 ： 80点/時間
• 3TBメモリ（96ncpus）使用 ： 160点/時間

点数の例：

• • Trinity-rnaseq クエリDNA配列：96,706件、クエリファイルサイズ183MB
  • 48コア指定
  • 所要時間:11:07:24
  • 消費点数：889点

$ head trinity.sh
 #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
 #PBS -l walltime=12:00:00
 ...

• • 実行

$ jsub -q HB trinity.sh