「RCCS」の版間の差分
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* ログインする手元の端末上で公開鍵と秘密鍵を生成し、公開鍵をログイン先のRCCSサーバに登録することで、パスワードなしにログインする仕組みです。 | * ログインする手元の端末上で公開鍵と秘密鍵を生成し、公開鍵をログイン先のRCCSサーバに登録することで、パスワードなしにログインする仕組みです。 | ||
* 公開鍵の登録はRCCSのホームページ上で行います。以下のページを参照してください。 | * 公開鍵の登録はRCCSのホームページ上で行います。以下のページを参照してください。 | ||
[https://ccportal.ims.ac.jp/quickstartguide 鍵の作成とログインサーバへのログイン方法] | * [https://ccportal.ims.ac.jp/quickstartguide 鍵の作成とログインサーバへのログイン方法] | ||
==== 分子生物学用アプリケーションとデータベース ==== | ==== 分子生物学用アプリケーションとデータベース ==== |
2024年3月26日 (火) 04:36時点における版
計算科学研究センター(RCCS)への移行のためのページ
移行スケジュール
- 2024年3月末 新規利用者募集終了
- 2024年8月末 一般ユーザログイン終了
- 2024年9月末 bias5運用終了
申請方法とユーザーアカウント
RCCS公式サイト: RCCS利用申請/利用報告に関する情報
- 申請は「提案代表者」が研究グループ単位で行います。複数の研究グループメンバーを同時に申請できます。
- 利用資格は RCCS利用資格をご覧ください
- 学部学生、日本非居住者、企業に属する方は利用できません。
- 修士課程学生(6年制の5, 6学年含む)はメンバーになることができます
- 申請には NOUSを利用します
- 基生研HP内の申請システムNOUSの使い方・申請内容別記入例も参考にしてください
- 最初の「Select the institute」 で必ず「IMS: 分子科学研究所 - IMS-RCCS-A-ja 分子科学研究所[IMS]計算科学研究センター施設利用(A)」を選択ください
- bias5から継続利用される方は、各種区分では必ず「基礎生物学」を選択ください
- 下記の「CPU点数について」も参照ください。
biasとrccsのシステムの違い
RCCS公式サイト: RCCS計算機利用の手引き
- 基本は上記を参考にしてください
ログイン方法
- sshの公開鍵認証を使用します。パスワードは使えません
- ログインする手元の端末上で公開鍵と秘密鍵を生成し、公開鍵をログイン先のRCCSサーバに登録することで、パスワードなしにログインする仕組みです。
- 公開鍵の登録はRCCSのホームページ上で行います。以下のページを参照してください。
- 鍵の作成とログインサーバへのログイン方法
分子生物学用アプリケーションとデータベース
- 下記のコマンドで生物学解析実行用の設定を読み込みます。
source /apl/bio/etc/bio.sh
- bias5と同様にmoduleコマンドが使えます
module avail
- データベースへのパス:
/apl/bio/db
キューイング(ジョブ管理)システム
- RCCSオリジナルのコマンドを利用します
ジョブスクリプトの書き方
- 必ず指定するリソース
- ノード数 : select
- CPU数 : ncpus
- ノードあたりのプロセス数 : mpiprocs
- プロセスあたりのスレッド数 : ompthreads
- ジョブのタイプ(大容量メモリの場合のみ) : jobtype
- GPU数(GPUを使う場合のみ) : ngpus
- 例1 通常のジョブ
- BLAST 1ノード、16CPU、1プロセス、16スレッド、メモリは16コア分(16 x 1.875Gb = 30Gb)を使って計算する
#PBS -l select=1:ncpus=16:mpiprocs=1:ompthreads=16 blastx -db nr -query test.fa -out blastout.txt -outfmt 6 -num_threads 16
- 例2 大容量メモリが必要な場合 最低64CPU:504Gbメモリから
- InterProScan 1ノード、64CPU、1プロセス、64スレッド、計算ノード TypeF メモリは64コア分(64 x 7.875Gb = 504Gb)を使って計算する
#PBS -l select=1:ncpus=64:mpiprocs=1:ompthreads=64:jobtype=largemem interproscan.sh --cpu 16 -i test.pep -d ipres --goterms -f GFF3,HTML,TSV,XML -t n
- 分子生物学アプリケーションの多くは、複数プロセス立ち上げや、複数マシンにまたがった計算を行いません
- 複数マシン指定が有効なのは、物理マシンをまたがって並列計算できるアプリケーション (MPI等を使う)のみ
- 使えるメモリ量はCPU数と計算ノードタイプに依存し、メモリ量を指定することはできません。
- メモリを余分に使おうとしてプロセスが落ちることはありません(biasとの相違点)
- キュー名の指定はありません
- PBSコマンドとの対応表
PBSコマンド | RCCSコマンド | 説明 |
---|---|---|
qsub file_name | jsub file_name | ジョブを投入する |
qstat -u my_account | jobinfo | 自分のジョブの状態を表示 |
qstat -Q | jobinfo -s | キューの詳細を表示 |
qstat | jobinfo -a | 全てのジョブを表示(-g で同グループのみを表示) |
qdel jobID | jdel jobID | 指定したIDのジョブを削除 |
qhold jobID | jhold jobID | 指定したIDの待機中ジョブを実行されないようにホールド |
qrls jobID | jrls jobID | ホールド状態のジョブをリリース(実行待ち状態にする) |
tracejob jobID | joblog | 終了したジョブの履歴を表示(CPU点数も表示) |
CPU点数について
- 利用できるリソースは「CPU点数制」になっています。