「RCCS-smp」の版間の差分

2024年9月12日 (木) 05:56時点における最新版

キュー名が異なります
使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。
メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください
詳しくは
- 説明会資料[1]
- https://ccportal.ims.ac.jp/QuickStart

#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48

#PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96

jsub -q HB jobfile.sh

- Trinity-rnaseq クエリDNA配列：96,706件、クエリファイルサイズ183MB
- 48コア指定
- 所要時間:11:07:24
- 消費点数：889点

$ head trinity.sh
 #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
 #PBS -l walltime=12:00:00
 ...

$ jsub -q HB trinity.sh

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-=== 3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました ===
+== 3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました ==
+* キュー名が異なります
+* 使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。
+* メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください
+* 詳しくは
+** 説明会資料[https://biaswiki.nibb.ac.jp/menu/images/d/d5/RCCS_PBS.pdf]
+** https://ccportal.ims.ac.jp/QuickStart
+=== リソース指定の書き方 ===
+* 1.5TBメモリを使う（最大同時実行2ジョブ）
+ #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
+* 3TBメモリを使う（同時利用1ジョブ）
+ #PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96
+=== ジョブの投入方法 ===
+* '''必ず -q HB と付けてキューを指定する'''
+ jsub -q HB jobfile.sh
+=== 消費点数 ===
+* 1.5TBメモリ（48ncpus）使用 ： 80点/時間
+* 3TBメモリ（96ncpus）使用 ： 160点/時間
+; 点数の例：
+** Trinity-rnaseq クエリDNA配列：96,706件、クエリファイルサイズ183MB
+** 48コア指定
+** 所要時間:11:07:24
+** 消費点数：889点
+ $ head trinity.sh
+  #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
+  #PBS -l walltime=12:00:00
+  ...
+** 実行
+ $ jsub -q HB trinity.sh