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(ページの作成:「=== 3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました ===」) |
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=== | == 3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました == | ||
* キュー名が異なります | |||
* 使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。 | |||
* メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください | |||
* 詳しくは | |||
** 説明会資料[https://biaswiki.nibb.ac.jp/menu/images/d/d5/RCCS_PBS.pdf] | |||
** https://ccportal.ims.ac.jp/QuickStart | |||
=== リソース指定の書き方 === | |||
* 1.5TBメモリを使う(最大同時実行2ジョブ) | |||
#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48 | |||
* 3TBメモリを使う(同時利用1ジョブ) | |||
#PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96 | |||
=== ジョブの投入方法 === | |||
* '''必ず -q HB と付けてキューを指定する''' | |||
jsub -q HB jobfile.sh | |||
=== 消費点数 === | |||
* 1.5TBメモリ(48ncpus)使用 : 80点/時間 | |||
* 3TBメモリ(96ncpus)使用 : 160点/時間 | |||
; 点数の例: | |||
** Trinity-rnaseq クエリDNA配列:96,706件、クエリファイルサイズ183MB | |||
** 48コア指定 | |||
** 所要時間:11:07:24 | |||
** 消費点数:889点 | |||
$ head trinity.sh | |||
#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48 | |||
#PBS -l walltime=12:00:00 | |||
... | |||
** 実行 | |||
$ jsub -q HB trinity.sh |
2024年9月12日 (木) 05:56時点における最新版
3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました
- キュー名が異なります
- 使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。
- メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください
- 詳しくは
リソース指定の書き方
- 1.5TBメモリを使う(最大同時実行2ジョブ)
#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
- 3TBメモリを使う(同時利用1ジョブ)
#PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96
ジョブの投入方法
- 必ず -q HB と付けてキューを指定する
jsub -q HB jobfile.sh
消費点数
- 1.5TBメモリ(48ncpus)使用 : 80点/時間
- 3TBメモリ(96ncpus)使用 : 160点/時間
- 点数の例:
- Trinity-rnaseq クエリDNA配列:96,706件、クエリファイルサイズ183MB
- 48コア指定
- 所要時間:11:07:24
- 消費点数:889点
$ head trinity.sh #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48 #PBS -l walltime=12:00:00 ...
- 実行
$ jsub -q HB trinity.sh