「AlphaFold」の版間の差分
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== DeepMind社のタンパク質立体構造予測プログラム [https://github.com/deepmind/alphafold AlphaFold] が利用できます。== | == DeepMind社のタンパク質立体構造予測プログラム [https://github.com/deepmind/alphafold AlphaFold] が利用できます。== | ||
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cp /bio/package/alphafold/venv_AF2.tar.gz | cp /bio/package/alphafold/venv_AF2.tar.gz | ||
tar zxvf venv_AF2.tar.gz | tar zxvf venv_AF2.tar.gz | ||
~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node.sh）があります。これを適当な名前にコピーし<br> | |||
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bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False | |||
を書き換えて保存したものを、qsubに与えて実行します。<br> | |||
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* -o 結果ディレクトリ | |||
* -f 検索するアミノ酸配列 | |||
* -m モデルの数 | |||
2021年8月24日 (火) 06:37時点における版
DeepMind社のタンパク質立体構造予測プログラム AlphaFold が利用できます。
cd cp /bio/package/alphafold/venv_AF2.tar.gz tar zxvf venv_AF2.tar.gz
~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node.sh）があります。これを適当な名前にコピーし
44行目、
bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False
を書き換えて保存したものを、qsubに与えて実行します。
必須のオプション：
- -o 結果ディレクトリ
- -f 検索するアミノ酸配列
- -m モデルの数