「AlphaFold」の版間の差分
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tar zxvf venv_AF2.tar.gz | tar zxvf venv_AF2.tar.gz | ||
~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node. | ~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node.sh）があります。これを適当な名前をつけてコピーして編集します<br> | ||
cp ~/venv_AF2/af2_pbs/af2_test_node.sh ~/my_af2.sh | |||
vi ~/my_af2.sh | |||
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bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False | bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False | ||
を適宜書き換えて保存してください（下記の例では<br> | |||
qsubに与えて実行します。<br> | |||
qsub my_af2.sh | |||
必須のオプション： | 必須のオプション： | ||
2021年8月24日 (火) 06:52時点における版
DeepMind社のタンパク質立体構造予測プログラム AlphaFold が利用できます。
使い方：
ソースをホームディレクトリにコピーして解凍してください
cd cp /bio/package/alphafold/venv_AF2.tar.gz tar zxvf venv_AF2.tar.gz
~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node.sh）があります。これを適当な名前をつけてコピーして編集します
cp ~/venv_AF2/af2_pbs/af2_test_node.sh ~/my_af2.sh vi ~/my_af2.sh
44行目、
bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False
を適宜書き換えて保存してください（下記の例では
qsubに与えて実行します。
qsub my_af2.sh
必須のオプション：
- -o 結果ディレクトリ
- -f 検索するアミノ酸配列
- -m モデルの数（サンプルでは５モデル全てを適用した結果を返すように書かれています）
他のオプションの説明：
- -d alphafold用データベースのディレクトリ
- -t 最新のテンプレート公開日（このままで大丈夫です 2021-08-24現在）
- -g GPUを使うかどうか（当システムにGPUはありません...）
所要時間は検索配列の長さに依存します 〜70 => 40分、〜500 => 10時間