RCCS-smp
ナビゲーションに移動
検索に移動
3TBメモリを持つ共有メモリマシンを導入いたしました
- キュー名が異なります
- 使えるメモリ量は、1.5TB または、3TB です。
- メモリの利用料が256Gbに収まりそうなら、ncpus=64を指定、256Gb以上、1TBに収まりそうなら jobtype=largemem 指定をを使ってください
- 詳しくは
リソース指定の書き方
- 1.5TBメモリを使う(最大同時実行2ジョブ)
#PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48
- 3TBメモリを使う(同時利用1ジョブ)
#PBS -l select=1:ncpus=96:mpiprocs=1:ompthreads=96
ジョブの投入方法
- 必ず -q HB と付けてキューを指定する
jsub -q HB jobfile.sh
消費点数
- 1.5TBメモリ(48ncpus)使用 : 80点/時間
- 3TBメモリ(96ncpus)使用 : 160点/時間
- 点数の例:
- Trinity-rnaseq クエリDNA配列:96,706件、クエリファイルサイズ183MB
- 48コア指定
- 所要時間:11:07:24
- 消費点数:889点
$ head trinity.sh #PBS -l select=1:ncpus=48:mpiprocs=1:ompthreads=48 #PBS -l walltime=12:00:00 ...
- 実行
$ jsub -q HB trinity.sh