AlphaFold

DeepMind社のタンパク質立体構造予測プログラム AlphaFold が利用できます。

cd
cp /bio/package/alphafold/venv_AF2.tar.gz
tar zxvf venv_AF2.tar.gz

~/venv_AF2/af2_pbs 内にサンプルスクリプト（af2_test_node.sh）があります。これを適当な名前をつけてコピーし
44行目、

bash ${AF_DIR}/run_alphafold_gpfs.sh -d ${DB} -o ${HOME}/dtest -m model_1_ptm,model_2_ptm,model_3_ptm,model_4_ptm,model_5_ptm -f ${AF_DIR}/example/query.fasta -t 2020-05-14 -g False

を書き換えて保存したものを、qsubに与えて実行します。
必須のオプション：

• -o   結果ディレクトリ
• -f   検索するアミノ酸配列
• -m   モデルの数（サンプルでは５モデル全てを適用した結果を返すように書かれています）

他のオプションの説明：

• -d   alphafold用データベースのディレクトリ
• -t   最新のテンプレート公開日（このままで大丈夫です 2021-08-24現在）
• -g   GPUを使うかどうか（当システムにGPUはありません...）