「Conda利用の注意点」の版間の差分
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(ページの作成:「 * conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」が起動する(…」) |
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{{Note|condaでインストールしたソフトウェアを使った解析も PBS 経由で行うこと|warn}} | |||
* qsub用スクリプト | |||
# source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく | |||
# conda activate してから、解析を実行 | |||
# 最後に conda deactivate | |||
* conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda | <pre> | ||
<pre>(base) [ | #!/bin/bash | ||
#PBS -q large | |||
source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh | |||
conda activate my_conda_bs5 | |||
cd ${PBS_O_WORKDIR} | |||
busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 | |||
conda deactivate | |||
</pre> | |||
== base 自動起動の停止 == | |||
{{Note|以下はcondaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません|reminder}} | |||
* conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する(プロンプトの前に (base) と出ている状態) | |||
<pre>(base) [myid@bias5-login ~/]$ </pre> | |||
* これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する | * これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する | ||
<pre>(base) [ | <pre>(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | ||
[ | [myid@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false | ||
</pre> | |||
* conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する | |||
<pre>[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base | |||
(base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業) | |||
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | |||
[myid@bias5-login ~/]$ | |||
</pre> | |||
== アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける == | |||
* bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする | |||
<pre>[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python | |||
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | |||
[myid@bias5-login ~/]$ | |||
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2022年11月15日 (火) 06:34時点における最新版
condaでインストールしたソフトウェアを使った解析も PBS 経由で行うこと
- qsub用スクリプト
- source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく
- conda activate してから、解析を実行
- 最後に conda deactivate
#!/bin/bash #PBS -q large source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh conda activate my_conda_bs5 cd ${PBS_O_WORKDIR} busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 conda deactivate
base 自動起動の停止
以下はcondaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません
- conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する(プロンプトの前に (base) と出ている状態)
(base) [myid@bias5-login ~/]$
- これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false
- conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base (base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業) (base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$
アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける
- bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする
[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python [myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$