Conda利用の注意点

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condaでインストールしたソフトウェアを使った解析も PBS 経由で行うこと
  • qsub用スクリプト
  1. source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく
  2. conda activate してから、解析を実行
  3. 最後に conda deactivate
#!/bin/bash
#PBS -q large

source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate my_conda_bs5
cd ${PBS_O_WORKDIR}
busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10
conda deactivate


base 自動起動の停止

以下はcondaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません
  • conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する(プロンプトの前に (base) と出ている状態)
(base) [myid@bias5-login ~/]$     
  • これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
 [myid@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false
  • conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base
(base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業)
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
[myid@bias5-login ~/]$

アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける

  • bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする
[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
[myid@bias5-login ~/]$