インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方
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- インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自動でパスが通っていますのでどこからでも使えます。
- パスが通っていないもの（which で見つからないもの）は、一度 module コマンドを使ってパスを通していただく必要があります。
module availでインストール済みのソフトウェア一覧を参照できます。- システムにインストールして欲しいものがあれば、support＠nibb.ac.jp （＠を半角）までメールでご相談ください
Modules
- ソフトウェアは「module」コマンドで管理されています
- module コマンドで指定のソフトウェア環境を読み込むことができます
- ソフトウェアのバージョン違いを切り替えられます
Modules コマンド一覧
| コマンド | 説明 |
|---|---|
| module list | ロード済み module 一覧 |
| module avail | 利用可能な module 一覧 |
| module avail [module_name] | 利用可能な module softwareバージョン一覧：例）module avail salmon |
| module show [module_file_name] | module の内容表示 |
| module load [module_file_name] | module のロード |
| module unload [module_file_name] | module のアンロード |
| module switch [module_file_name1] [module_file_name2] | module の切り替え（module_file_name1→module_file_name2） |
利用可能 module の確認
$ module avail ----------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles ----------------------------------------------------------------------- chkfeature dot module-cvs module-info modules null python/2.7 use.own ---------------------------------------------------------------------------- /bio/etc/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------- CAP3/122107 allpathslg/51503 blast+/2.4.0 clustalo/1.2.0 mafft/7.205 muscle/3.8.31 EMBOSS/6.3.1 allpathslg/51511 blast+/2.5.0 clustalw/1.83 mafft/7.212 njplot/2.4 EMBOSS/6.6.0 allpathslg/51630 blat/35 clustalw2/2.1 mafft/7.213 openmpi/1.6.5 Gblocks/0.91b allpathslg/51646 boost/1.55.0 cufflinks/2.1.1 mafft/7.215 openmpi/1.7.4.gcc MUMmer/3.23 allpathslg/51828 bowtie/1.0.0 cufflinks/2.2.0 mafft/7.220 paup/4b10 Phrap/0.990329 allpathslg/51875 bowtie/1.0.1 cufflinks/2.2.1 mafft/7.221 perl/5.18.1threaded SOAP/1.11 allpathslg/51910 bowtie/1.1.0 dbget/4.7 mafft/7.245 phylip/3.695 SOAP/2.21 allpathslg/51927 bowtie/1.1.1 discovardenovo/52488 mafft/7.273 phyml/3.1 SOAPdenovo/r240 allpathslg/52037 bowtie/1.1.2 fasta/36.3.6d mafft/7.294 samtools/0.1.19 TGICL/2.1 allpathslg/52188 bowtie2/2.1.0 fasta/36.3.6f meme/4.10.0 samtools/1.2 Trinityrnaseq/2.0.2 allpathslg/52293 bowtie2/2.2.0 fasta/36.3.7 meme/4.10.0_1 samtools/1.3.1 Trinityrnaseq/2.2.0 allpathslg/52353 bowtie2/2.2.1 fasta/36.3.7a meme/4.10.0_2 sratoolkit/2.3.4-2 Trinityrnaseq/2.3.2 allpathslg/52415 bowtie2/2.2.2 fasta/36.3.8 meme/4.10.0_4 t_coffee/10.00.r1613 Trinityrnaseq/r20131110 allpathslg/52485 bowtie2/2.2.3 fastx_toolkit/0.0.13 mpich/3.0.4.gcc t_coffee/9.01 Trinityrnaseq/r20140413 allpathslg/52488 bowtie2/2.2.4 gcc/4.7.3 mpich/3.0.4.icc tophat/2.0.10 Trinityrnaseq/r20140413p1 bamtools/2.3.0 bowtie2/2.2.5 genemark/2.5p mpich/3.1.gcc tophat/2.0.11 Trinityrnaseq/r20140717 bcftools/1.2 bowtie2/2.2.6 genscan mpich/3.1.icc tophat/2.0.12 abyss/1.3.7 bcftools/1.3.1 bowtie2/2.2.7 glimmer/3.02 mrbayes/3.2.2 tophat/2.0.13 abyss/1.5.0 bio bowtie2/2.2.9 hmmer/3.1b1 mrbayes/3.2.2.mpi.gcc tophat/2.0.14 abyss/1.5.1 blast/2.2.26 bwa/0.7.10 htslib/1.2.1 mrbayes/3.2.3 tophat/2.1.0 abyss/1.5.2 blast+/2.2.28 bwa/0.7.12 htslib/1.3.1 mrbayes/3.2.3.mpi.gcc tophat/2.1.1 abyss/1.9.0 blast+/2.2.29 bwa/0.7.15 jemalloc/4.2.0 mrbayes/3.2.4 tree-puzzle/5.2.mpich.gcc allpathslg/51298 blast+/2.2.30 bwa/0.7.5a lasts/1.02 mrbayes/3.2.4.mpi.gcc velvet/1.2.10 allpathslg/51363 blast+/2.2.31 bwa/0.7.7 mafft/7.182 mrbayes/3.2.5 allpathslg/51427 blast+/2.3.0 bwa/0.7.9a mafft/7.187 mrbayes/3.2.5.mpi.gcc
コマンドラインでの読み込み
- Trinitirnaseq 2.11.0 を使う場合
$ module load Trinityrnaseq/2.11.0
qsub に与えるスクリプト内での読み込み
- qsub 中で使う場合、module load の前に
- bash, sh の場合
source /etc/profile.d/modules.sh
- csh, tcsh の場合
source /etc/profile.d/modules.csh
を記述してください。スクリプト例：
#!/bin/bash
#PBS -q medium
#PBS -S /bin/sh
cd ${PBS_O_WORKDIR}
source /etc/profile.d/modules.sh
module load cutadapt/1.16
cutadapt -A ...