コンテナの利用

コンテナ利用環境としてSingularityがインストールされています。SingularityでDockerイメージをビルドすることができます。

• 下記の3つのうち、いずれかの方法でお使いください
  • 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う
    • コンテナファイル一覧
  • 自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
    • BioContainersからSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
  • singularity build コマンドでコンテナイメージファイルを作成する

• コンテナイメージファイルを準備できたら、 singularity exec コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
• 基本のコマンド記法

singularity exec container_image_file_name command [options]

コンテナが認識できる実空間は${HOME}のみです。ファイルの読込み、結果の出力共にホームディレクトリ以外の場所は使えません

コンテナイメージファイルを使う

1. コンテナファイル一覧 から使うものを確認（今回は BUSCO 5.1.3）
2. qsub用スクリプトの書き方

source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity
singularity exec /bio/container/BUSCO/5.1.3/busco_5.1.3--pyhdfd78af_0 busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

コンテナイメージファイルをビルドする

コンテナファイル一覧 と重複ないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に

1. BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
2. Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
3. タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
4. bias5上で、module load singularity
5. 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する　

singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1

1. qsub用スクリプトの書き方

source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

Dockerコマンドはご利用いただけません