Tips & FAQ

ログイン関連

• ログインできません
  • VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
  • ログインするマシン名は正しいですか？　bias5.nibb.ac.jp
  • パスワードは正しいですか？
  • UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）

ログインしてから

• 反応が非常に遅いです
  • 巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか？　ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用
  • ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください

• core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
  • 消していただいてかまいません　コアダンプ

• MPI関連のプログラムはどこにある？
  • /usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin　です　コンパイラ：mpicc もここ

• データベース(RDBMS)が使いたいです
  • mysql、postgresql、Sqlite3を用意しています。お問い合わせください
  • virtuosoもあるよ

• Dockerが使いたいです
  • Docker利用は対応していません
  • コンテナイメージファイルを用意して、Singularity を利用してください
  • コンテナ（Singularity）の利用

PBS関連

• プログラムが実行されません
  • modulesを使っている場合は正しく設定されていますか？　インストール済みソフトウェアの使い方
  • パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
  • PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください

• 途中終了して、「=>> PBS: job killed: mem 3977304kb exceeded limit 3686400kb」というエラー
  • small, medium, large, blast キューでは、メモリ制限をしています　メモリ制限について
  • qsubオプション #PBS -l mem=8G　で要求メモリを増やして再度 qsub してください

• メモリが不足しそうですが実行していいですか
  • よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
  • blastキューは188GBまで要求メモリ量を増やせるので、smp[s|m|l] に入れる前に試してみてください
  • blastキューで上限の188GBを確保する場合、bias5-node[01-20]の一台をまるまる占有することになります
  • メモリ制限について もご覧ください

• ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
  • 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96

• ジョブがステータスEqwで止まってしまった
  • とりあえず　qstat -f job_id | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
  • 理由が取り除けたら、qrls job_idで再投入
  • 取り除けないエラーなら　qdel job_idで削除して出直しましょう

• 異常終了して、eファイルとoファイルが作成されない
  • tracejob job_id で原因を探りましょう
  • わからない場合、そのジョブIDを support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）までお知らせください

• リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
  • tracejob job_id で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう
  • 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。　qstat -nr1t とすると畳まれていたアレイジョブが見えます

• ジョブが振られたホストのローカルディスクを満杯にしてしまった
  • まずは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） までご連絡ください
  • 考えられる原因は2つ
  • 1) 一時ファイルが大量に作られる
    • ソフトウェアのドキュメントに、temporary file の置き場所を決められるオプションがあるはず
  • 2) 途中のエラーでユーザのアクションを促されるが（上書きするか？等）PBS経由では反応できないため標準出力に延々とメッセージが繰り替えされる
    • 原因を取り除いて再度実行する

その他

• numactlを使いたい
  • diaf-smp[1,2] に実装されていますので、smpsキューでそちらに振ってください

• javaのバージョンが古すぎて動きません
  • システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
  • Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
  • export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します

• 順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで