分子生物学データベース

生物情報解析システム上の分子生物学データベース

• • BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
  • diamond用データベースへのパス： /bio/db/diamond/db
  • フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
  • このほか、KEGG データベース, Illumina iGemons が利用可能です。お問い合わせください

データベース名	アクセス名	説明	フォーマット	更新型
GenBank	genbank	核酸塩基配列	DBGET	定期
GenBank-upd	genbank-upd	核酸塩基配列	DBGET	日々
EMBL	embl	核酸塩基配列	DBGET	定期
EMBL-upd	embl-upd	核酸塩基配列	DBGET	日々
RefSeq	refseq	refnuc + refpep	DBGET	日々
RefSeq Nuc.	refnuc	核酸塩基配列	DBGET	日々
RefSeq Pep.	refpep	タンパク質アミノ酸配列	DBGET	日々
RefSeq Protein	refseq_protein	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST, diamond	日々
RefSeq Genomic	refseq_genomic	ゲノム配列	FASTA, BLAST	日々
RefSeq RNA	refseq_rna	RNA塩基配列	FASTA, BLAST	日々
EST_human EST_mouse EST_others	est_human est_mouse est_others	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-nt	nt	非冗長核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
gss	gss	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
HTGS	htgs	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
dbsts	dbsts	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
patnt	patnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
env_nt	env_nt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
pdbnt	pdbnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-aa	nr	非冗長アミノ酸配列	FASTA, BLAST, diamond	定期
UniProt	uniprot	TrEMBL + Swissprot	DBGET, FASTA, BLAST	日々
TrEMBL	trembl	タンパク質アミノ酸配列	DBGET, FASTA, BLAST, diamond	日々
Swissprot	swissprot	タンパク質アミノ酸配列	DBGET, FASTA, BLAST, diamond	日々
pataa	pataa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
env_nr	env_nr	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
pdbaa	pdbaa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
PDB	pdb	タンパク質立体構造	DBGET	定期