「分子生物学データベース」の版間の差分
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**フラットファイルへのパス: /bio/db/ideas | **diamond用データベースへのパス: <code>/bio/db/diamond/db</code> | ||
**フラットファイルへのパス: <code>/bio/db/ideas</code> | |||
**このほか、[[KEGG データベース]], [https://jp.support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html Illumina iGemons] が利用可能です。お問い合わせください | |||
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<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | <td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | ||
<tr><td>GenBank/GenBank-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td> | <tr><td>GenBank</td><td>genbank</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>EMBL/EMBL-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td> | <tr><td>GenBank-upd </td><td>genbank-upd</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>日々</td></tr> | ||
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<tr><td>dbsts </td><td>dbsts</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>dbsts </td><td>dbsts</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
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<tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
<tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST, diamond </td><td>定期</td></tr> | ||
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<tr><td>PDB </td><td>pdb</td><td>タンパク質立体構造</td><td> | <tr><td>PDB </td><td>pdb</td><td>タンパク質立体構造</td><td>DBGET</td><td>定期</td></tr> | ||
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2021年6月21日 (月) 05:08時点における最新版
生物情報解析システム上の分子生物学データベース
- BLAST用データベースへのパス:
/bio/db/blast/db
- diamond用データベースへのパス:
/bio/db/diamond/db
- フラットファイルへのパス:
/bio/db/ideas
- このほか、KEGG データベース, Illumina iGemons が利用可能です。お問い合わせください
- BLAST用データベースへのパス:
データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
GenBank | genbank | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
GenBank-upd | genbank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
EMBL | embl | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
EMBL-upd | embl-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq | refseq | refnuc + refpep | DBGET | 日々 |
RefSeq Nuc. | refnuc | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq Pep. | refpep | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq Protein | refseq_protein | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
RefSeq Genomic | refseq_genomic | ゲノム配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
RefSeq RNA | refseq_rna | RNA塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nt | env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST, diamond | 定期 |
UniProt | uniprot | TrEMBL + Swissprot | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST, diamond | 日々 |
pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
PDB | pdb | タンパク質立体構造 | DBGET | 定期 |