「FAQ」の版間の差分

2016年7月22日 (金) 06:19時点における最新版

ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は ovs.orion.ac.jpです）
- パスワードは正しいですか？
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）

コマンドが実行されません
- パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
- SGEに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください

もっと高度な並列化がしたいです
- make PE などあります。お問い合わせください

core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
- 消していただいてかまいません　コアダンプ

反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をSGE経由でなくそのまま実行していませんか？　バッチジョブ投入システム SunGridEngine を用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください

メモリが不足しそうですが実行していいですか
- 実行するメモリ空き容量を指定したり、SGEが使用するメモリ量を指定したりしてください
  - qsubオプション -l h_vmem=8G　SGEが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
  - qsubオプション -l virtual_free=8G　メモリの空きが指定分ある場合に実行（不足している場合はpending）

ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96

ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず　qstat -j job_id | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
- 理由が取り除けたら、qmod -cj job_id で再投入
- 取り除けないエラーなら　qdel job_id で削除して出直しましょう

javaのバージョンが新しすぎて動きません
- Trinity のことでしたらメールで一声おかけください、回避方法があります

データベース(RDBMS)が使いたいです
- mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
- virtuosoもあるよ

コンパイラ古くない？
- 魔法の一行コマンド:　scl enable devtoolset-3 bash　を実行してください。gcc4.9 が使えるようになります
- bias4の、/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin に gcc4.8.2 g++4.8.2 が入ってます。CC=/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin/gcc とかでmakeしてもいいです

順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）まで

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 **UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）
-*コマンドを打っても動きません
+*コマンドが実行されません
-**パスが通っていますか？
+**パス(path)が通っていますか？　[http://www.obenri.com/_operation/path_through.html　"パスが通っている"とは]
+**SGEに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください
 *もっと高度な並列化がしたいです
-**smp PE, make PE などあります。お問い合わせください
+**make PE などあります。お問い合わせください
-*core.NNNNN ていうサイズの大きなファイルがたくさんあります
+*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
 **消していただいてかまいません　[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%97 コアダンプ]
 *反応が非常に遅いです
-**巨大な計算をSGE経由でなくそのまま実行していませんか？　[[計算機の利用（バッチジョブ投入システム）]]
+**巨大な計算をSGE経由でなくそのまま実行していませんか？　[[バッチジョブ投入システム SunGridEngine を用いた計算機の利用]]
 **ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
-*ジョブファイルを用意するのが面倒です
+*メモリが不足しそうですが実行していいですか
-**「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　[[並列計算の実行]]
+**実行するメモリ空き容量を指定したり、SGEが使用するメモリ量を指定したりしてください
+***qsubオプション '''-l h_vmem=8G'''　SGEが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
+***qsubオプション  '''-l virtual_free=8G'''　メモリの空きが指定分ある場合に実行（不足している場合はpending）
-*順次作成中
+*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
+**「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　[[並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96]]
+*ジョブがステータスEqwで止まってしまった
+**とりあえず　qstat -j ''job_id'' | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
+**理由が取り除けたら、qmod -cj ''job_id'' で再投入
+**取り除けないエラーなら　qdel ''job_id'' で削除して出直しましょう
+*javaのバージョンが新しすぎて動きません
+**Trinity のことでしたらメールで一声おかけください、回避方法があります
+*データベース(RDBMS)が使いたいです
+**mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
+**virtuosoもあるよ
+*コンパイラ古くない？
+**魔法の一行コマンド:　scl enable devtoolset-3 bash　を実行してください。gcc4.9 が使えるようになります
+**bias4の、/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin に gcc4.8.2 g++4.8.2 が入ってます。CC=/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin/gcc とかでmakeしてもいいです
+*順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで

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