「インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方」の版間の差分

提供：biaswiki
ナビゲーションに移動 検索に移動
(新しいページ: '== インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方 == * インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自...')
 
 
(同じ利用者による、間の19版が非表示)
1行目: 1行目:
== インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方 ==
* インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自動でパスが通っていますのでどこからでも使えます。
* パスが通っていないもの（which で見つからないもの）は、一度 module コマンドを使ってパスを通していただく必要があります。
* <code>module avail</code> でインストール済みのソフトウェア一覧を参照できます。
* システムにインストールして欲しいものがあれば、support＠nibb.ac.jp （＠を半角）までメールでご相談ください
 
 
== Modules ==
 
* ソフトウェアは「module」コマンドで管理されています
* module コマンドで指定のソフトウェア環境を読み込むことができます
* ソフトウェアのバージョン違いを切り替えられます
 
== Modules コマンド一覧 ==
<table border="1" cellpadding="4">
<tr>
<th>コマンド </th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td> module  list </td>
<td> ロード済み module 一覧 </td>
</tr>
<tr>
<td> module  avail </td>
<td> 利用可能な module 一覧 </td>
</tr>
<tr>
<td> module  avail [module_name]</td>
<td> 利用可能な module softwareバージョン一覧：例）module avail salmon</td>
</tr>
<tr>
<td> module  show  [module_file_name] </td>
<td> module の内容表示 </td>
</tr>
<tr>
<td> module  load  [module_file_name] </td>
<td> module のロード </td>
</tr>
<tr>
<td> module  unload  [module_file_name] </td>
<td> module のアンロード </td>
</tr>
<tr>
<td> module  switch  [module_file_name1]  [module_file_name2]  </td>
<td> module の切り替え（module_file_name1→module_file_name2） </td>
</tr>
</table>
 
== 利用可能 module の確認 ==
$ module avail
----------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -----------------------------------------------------------------------
chkfeature  dot        module-cvs  module-info modules    null        python/2.7  use.own
---------------------------------------------------------------------------- /bio/etc/modulefiles ----------------------------------------------------------------------------
CAP3/122107              allpathslg/51503          blast+/2.4.0              clustalo/1.2.0            mafft/7.205              muscle/3.8.31
EMBOSS/6.3.1              allpathslg/51511          blast+/2.5.0              clustalw/1.83            mafft/7.212              njplot/2.4
EMBOSS/6.6.0              allpathslg/51630          blat/35                  clustalw2/2.1            mafft/7.213              openmpi/1.6.5
Gblocks/0.91b            allpathslg/51646          boost/1.55.0              cufflinks/2.1.1          mafft/7.215              openmpi/1.7.4.gcc
MUMmer/3.23              allpathslg/51828          bowtie/1.0.0              cufflinks/2.2.0          mafft/7.220              paup/4b10
Phrap/0.990329            allpathslg/51875          bowtie/1.0.1              cufflinks/2.2.1          mafft/7.221              perl/5.18.1threaded
SOAP/1.11                allpathslg/51910          bowtie/1.1.0              dbget/4.7                mafft/7.245              phylip/3.695
SOAP/2.21                allpathslg/51927          bowtie/1.1.1              discovardenovo/52488      mafft/7.273              phyml/3.1
SOAPdenovo/r240          allpathslg/52037          bowtie/1.1.2              fasta/36.3.6d            mafft/7.294              samtools/0.1.19
TGICL/2.1                allpathslg/52188          bowtie2/2.1.0            fasta/36.3.6f            meme/4.10.0              samtools/1.2
Trinityrnaseq/2.0.2      allpathslg/52293          bowtie2/2.2.0            fasta/36.3.7              meme/4.10.0_1            samtools/1.3.1
Trinityrnaseq/2.2.0      allpathslg/52353          bowtie2/2.2.1            fasta/36.3.7a            meme/4.10.0_2            sratoolkit/2.3.4-2
Trinityrnaseq/2.3.2      allpathslg/52415          bowtie2/2.2.2            fasta/36.3.8              meme/4.10.0_4            t_coffee/10.00.r1613
Trinityrnaseq/r20131110  allpathslg/52485          bowtie2/2.2.3            fastx_toolkit/0.0.13      mpich/3.0.4.gcc          t_coffee/9.01
Trinityrnaseq/r20140413  allpathslg/52488          bowtie2/2.2.4            gcc/4.7.3                mpich/3.0.4.icc          tophat/2.0.10
Trinityrnaseq/r20140413p1 bamtools/2.3.0            bowtie2/2.2.5            genemark/2.5p            mpich/3.1.gcc            tophat/2.0.11
Trinityrnaseq/r20140717  bcftools/1.2              bowtie2/2.2.6            genscan                  mpich/3.1.icc            tophat/2.0.12
abyss/1.3.7              bcftools/1.3.1            bowtie2/2.2.7            glimmer/3.02              mrbayes/3.2.2            tophat/2.0.13
abyss/1.5.0              bio                      bowtie2/2.2.9            hmmer/3.1b1              mrbayes/3.2.2.mpi.gcc    tophat/2.0.14
abyss/1.5.1              blast/2.2.26              bwa/0.7.10                htslib/1.2.1              mrbayes/3.2.3            tophat/2.1.0
abyss/1.5.2              blast+/2.2.28            bwa/0.7.12                htslib/1.3.1              mrbayes/3.2.3.mpi.gcc    tophat/2.1.1
abyss/1.9.0              blast+/2.2.29            bwa/0.7.15                jemalloc/4.2.0            mrbayes/3.2.4            tree-puzzle/5.2.mpich.gcc
allpathslg/51298          blast+/2.2.30            bwa/0.7.5a                lasts/1.02                mrbayes/3.2.4.mpi.gcc    velvet/1.2.10
allpathslg/51363          blast+/2.2.31            bwa/0.7.7                mafft/7.182              mrbayes/3.2.5
allpathslg/51427          blast+/2.3.0              bwa/0.7.9a                mafft/7.187              mrbayes/3.2.5.mpi.gcc
 
== コマンドラインでの読み込み ==
* Trinitirnaseq 2.11.0 を使う場合
$ module load Trinityrnaseq/2.11.0


* インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自動でパスが通っていますのでどこからでも使えます。
== qsub に与えるスクリプト内での読み込み ==
* [[ソフトウェア]] にあって、パスが通っていないもの（which で見つからないもの）は、一度 module コマンドを使ってパスを通していただく必要があります。
* qsub 中で使う場合、module load の前に
** bash, sh の場合
source /etc/profile.d/modules.sh
** csh, tcsh の場合
source /etc/profile.d/modules.csh


を記述してください。スクリプト例：


=== Module ===
#!/bin/bash
#PBS -q medium
#PBS -S /bin/sh
cd ${PBS_O_WORKDIR}
source /etc/profile.d/modules.sh
module load cutadapt/1.16
cutadapt -A ...

2022年4月13日 (水) 04:04時点における最新版

  • インストール先は基本的に /bio/bin となります。ユーザはログイン時に自動でパスが通っていますのでどこからでも使えます。
  • パスが通っていないもの（which で見つからないもの）は、一度 module コマンドを使ってパスを通していただく必要があります。
  • module avail でインストール済みのソフトウェア一覧を参照できます。
  • システムにインストールして欲しいものがあれば、support＠nibb.ac.jp （＠を半角）までメールでご相談ください


Modules

  • ソフトウェアは「module」コマンドで管理されています
  • module コマンドで指定のソフトウェア環境を読み込むことができます
  • ソフトウェアのバージョン違いを切り替えられます

Modules コマンド一覧

コマンド 説明
module list ロード済み module 一覧
module avail 利用可能な module 一覧
module avail [module_name] 利用可能な module softwareバージョン一覧：例）module avail salmon
module show [module_file_name] module の内容表示
module load [module_file_name] module のロード
module unload [module_file_name] module のアンロード
module switch [module_file_name1] [module_file_name2] module の切り替え（module_file_name1→module_file_name2）

利用可能 module の確認

$ module avail
----------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -----------------------------------------------------------------------
chkfeature  dot         module-cvs  module-info modules     null        python/2.7  use.own
---------------------------------------------------------------------------- /bio/etc/modulefiles ----------------------------------------------------------------------------
CAP3/122107               allpathslg/51503          blast+/2.4.0              clustalo/1.2.0            mafft/7.205               muscle/3.8.31
EMBOSS/6.3.1              allpathslg/51511          blast+/2.5.0              clustalw/1.83             mafft/7.212               njplot/2.4
EMBOSS/6.6.0              allpathslg/51630          blat/35                   clustalw2/2.1             mafft/7.213               openmpi/1.6.5
Gblocks/0.91b             allpathslg/51646          boost/1.55.0              cufflinks/2.1.1           mafft/7.215               openmpi/1.7.4.gcc
MUMmer/3.23               allpathslg/51828          bowtie/1.0.0              cufflinks/2.2.0           mafft/7.220               paup/4b10
Phrap/0.990329            allpathslg/51875          bowtie/1.0.1              cufflinks/2.2.1           mafft/7.221               perl/5.18.1threaded
SOAP/1.11                 allpathslg/51910          bowtie/1.1.0              dbget/4.7                 mafft/7.245               phylip/3.695
SOAP/2.21                 allpathslg/51927          bowtie/1.1.1              discovardenovo/52488      mafft/7.273               phyml/3.1
SOAPdenovo/r240           allpathslg/52037          bowtie/1.1.2              fasta/36.3.6d             mafft/7.294               samtools/0.1.19
TGICL/2.1                 allpathslg/52188          bowtie2/2.1.0             fasta/36.3.6f             meme/4.10.0               samtools/1.2
Trinityrnaseq/2.0.2       allpathslg/52293          bowtie2/2.2.0             fasta/36.3.7              meme/4.10.0_1             samtools/1.3.1
Trinityrnaseq/2.2.0       allpathslg/52353          bowtie2/2.2.1             fasta/36.3.7a             meme/4.10.0_2             sratoolkit/2.3.4-2
Trinityrnaseq/2.3.2       allpathslg/52415          bowtie2/2.2.2             fasta/36.3.8              meme/4.10.0_4             t_coffee/10.00.r1613
Trinityrnaseq/r20131110   allpathslg/52485          bowtie2/2.2.3             fastx_toolkit/0.0.13      mpich/3.0.4.gcc           t_coffee/9.01
Trinityrnaseq/r20140413   allpathslg/52488          bowtie2/2.2.4             gcc/4.7.3                 mpich/3.0.4.icc           tophat/2.0.10
Trinityrnaseq/r20140413p1 bamtools/2.3.0            bowtie2/2.2.5             genemark/2.5p             mpich/3.1.gcc             tophat/2.0.11
Trinityrnaseq/r20140717   bcftools/1.2              bowtie2/2.2.6             genscan                   mpich/3.1.icc             tophat/2.0.12
abyss/1.3.7               bcftools/1.3.1            bowtie2/2.2.7             glimmer/3.02              mrbayes/3.2.2             tophat/2.0.13
abyss/1.5.0               bio                       bowtie2/2.2.9             hmmer/3.1b1               mrbayes/3.2.2.mpi.gcc     tophat/2.0.14
abyss/1.5.1               blast/2.2.26              bwa/0.7.10                htslib/1.2.1              mrbayes/3.2.3             tophat/2.1.0
abyss/1.5.2               blast+/2.2.28             bwa/0.7.12                htslib/1.3.1              mrbayes/3.2.3.mpi.gcc     tophat/2.1.1
abyss/1.9.0               blast+/2.2.29             bwa/0.7.15                jemalloc/4.2.0            mrbayes/3.2.4             tree-puzzle/5.2.mpich.gcc
allpathslg/51298          blast+/2.2.30             bwa/0.7.5a                lasts/1.02                mrbayes/3.2.4.mpi.gcc     velvet/1.2.10
allpathslg/51363          blast+/2.2.31             bwa/0.7.7                 mafft/7.182               mrbayes/3.2.5
allpathslg/51427          blast+/2.3.0              bwa/0.7.9a                mafft/7.187               mrbayes/3.2.5.mpi.gcc

コマンドラインでの読み込み

  • Trinitirnaseq 2.11.0 を使う場合
$ module load Trinityrnaseq/2.11.0

qsub に与えるスクリプト内での読み込み

  • qsub 中で使う場合、module load の前に
    • bash, sh の場合
source /etc/profile.d/modules.sh
    • csh, tcsh の場合
source /etc/profile.d/modules.csh

を記述してください。スクリプト例： 

#!/bin/bash
#PBS -q medium
#PBS -S /bin/sh

cd ${PBS_O_WORKDIR}

source /etc/profile.d/modules.sh
module load cutadapt/1.16

cutadapt -A ...
「https://biaswiki.nibb.ac.jp/menu/index.php?title=インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方&oldid=1236」から取得