「Conda利用の注意点」の版間の差分
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== base 自動起動の停止 == | == base 自動起動の停止 == | ||
* conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda | * conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する(プロンプトの前に (base) と出ている状態) | ||
<pre>(base) [myid@bias5-login ~/]$ </pre> | <pre>(base) [myid@bias5-login ~/]$ </pre> | ||
* これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する | * これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する | ||
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* conda | * conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する | ||
<pre>[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base | <pre>[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base | ||
(base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業) | (base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業) |
2021年10月13日 (水) 02:12時点における版
condaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません
base 自動起動の停止
- conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する(プロンプトの前に (base) と出ている状態)
(base) [myid@bias5-login ~/]$
- これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [hiroyo@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false
- conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base (base) [myid@bias5-login ~/]$ (何か作業) (base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$
アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける
- bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする
[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python [myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$
実際の解析は PBS 経由で行うこと
- qsub用スクリプト
#!/bin/bash #PBS -q large conda activate bs5 cd ${PBS_O_WORKDIR} busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 deactivate