「分子生物学データベース」の版間の差分

2012年6月13日 (水) 04:40時点における版

生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas

データベース名	アクセス名	説明	フォーマット	更新型
GenBank/GenBank-upd		核酸塩基配列	DBGET	定期/日々
EMBL/EMBL-upd		核酸塩基配列	DBGET	定期/日々
RefSeq/RefSeq-upd		核酸塩基配列	DBGET, FASTA, BLAST	定期/日々
RefSeq/RefSeq-upd		核酸塩基配列	DBGET, FASTA, BLAST	定期/日々
RefSeq Protein	refseq_protein	核酸塩基配列	DBGET, FASTA, BLAST	定期/日々
EST_human EST_mouse EST_others	est_human est_mouse est_others	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-nt	nt	非冗長核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
gss	gss	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
HTGS	htgs	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
dbsts	dbsts	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
patnt	patnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
env_nt		核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
pdbnt	pdbnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-aa	nr	非冗長アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
RefSeq-protein		タンパク質アミノ酸配列	DBGET, FASTA, BLAST	定期
UniProt	uniprot	TrEMBL + Swissprot	DBGET, FASTA, BLAST	日々
TrEMBL	trembl	タンパク質アミノ酸配列	DBGET, FASTA, BLAST	日々
Swissprot	swissprot	タンパク質アミノ酸配列	DBGET, FASTA, BLAST	日々
pataa	pataa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
env_nr	env_nr	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
pdbaa	pdbaa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
PDB	pdb	タンパク質立体構造	FASTA, BLAST	定期

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 **フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
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-<table>
+<table border='1'>
 <tr>
 <td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr>
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 <tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
 <tr><td> RefSeq-protein </td><td></td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
-<tr><td>UniProt(TrEMBL. Swissprot) </td><td>uniprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
+<tr><td>UniProt</td><td>uniprot</td><td>TrEMBL + Swissprot </td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
 <tr><td>TrEMBL</td><td>trembl</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
 <tr><td>Swissprot </td><td>swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>