「分子生物学データベース」の版間の差分

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<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr>
<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr>
<tr><td>GenBank/GenBank-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期/日々</td></tr>
<tr><td>GenBank</td><td>genbank</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>EMBL/EMBL-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期/日々</td></tr>
<tr><td>GenBank-upd </td><td>genbank-upd</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>日々</td></tr>
<tr><td>EMBL</td><td>embl</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>EMBL-upd </td><td>embl-upd</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr>

2012年6月13日 (水) 04:43時点における版

  • 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
    • BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
    • フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas


データベース名アクセス名説明フォーマット更新型
GenBankgenbank核酸塩基配列DBGET 定期
GenBank-upd genbank-upd核酸塩基配列DBGET 日々
EMBLembl核酸塩基配列DBGET 定期
EMBL-upd embl-upd核酸塩基配列DBGET 日々
RefSeq/RefSeq-upd核酸塩基配列DBGET, FASTA, BLAST 定期/日々
RefSeq/RefSeq-upd核酸塩基配列DBGET, FASTA, BLAST 定期/日々
RefSeq Proteinrefseq_protein核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期/日々
RefSeq Proteinrefpep核酸塩基配列DBGET 定期/日々
EST_human
EST_mouse
EST_others 		est_human
est_mouse
est_others		核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
NCBI nr-ntnt非冗長核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
gss gss核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
HTGShtgs核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
dbsts dbsts核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
patnt patnt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
env_nt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
pdbnt pdbnt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
NCBI nr-aa nr非冗長アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
RefSeq-protein タンパク質アミノ酸配列DBGET, FASTA, BLAST 定期
UniProtuniprotTrEMBL + Swissprot DBGET, FASTA, BLAST 日々
TrEMBLtremblタンパク質アミノ酸配列DBGET, FASTA, BLAST 日々
Swissprot swissprotタンパク質アミノ酸配列DBGET, FASTA, BLAST 日々
pataa pataaタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
env_nr env_nrタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
pdbaa pdbaaタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
PDB pdbタンパク質立体構造FASTA, BLAST 定期
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