「分子生物学データベース」の版間の差分
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<tr><td>RefSeq Genomic</td><td>refseq_genomic</td><td> | <tr><td>RefSeq Genomic</td><td>refseq_genomic</td><td>ゲノム配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq RNA</td><td>refseq_rna</td><td>RNA塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq RNA</td><td>refseq_rna</td><td>RNA塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
2012年6月13日 (水) 04:52時点における版
- 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
| データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
| GenBank | genbank | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
| GenBank-upd | genbank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| EMBL | embl | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
| EMBL-upd | embl-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq | refseq | refnuc + refpep | DBGET | 日々 |
| RefSeq Nuc. | refnuc | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq Pep. | refpep | タンパク質アミノ酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
| RefSeq Protein | refseq_protein | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
| RefSeq Genomic | refseq_genomic | ゲノム配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
| RefSeq RNA | refseq_rna | RNA塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
| EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nt | env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| UniProt | uniprot | TrEMBL + Swissprot | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| PDB | pdb | タンパク質立体構造 | DBGET | 定期 |