「Conda利用の注意点」の版間の差分
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(base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） | (base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） | ||
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | (base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | ||
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== 解析ワークフローごとに conda 環境を分ける == | |||
* bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする | |||
<pre>[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python | |||
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 | |||
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | |||
[myid@bias5-login ~/]$ | [myid@bias5-login ~/]$ | ||
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2021年10月12日 (火) 06:08時点における版
conda トラブルを避けるために勧めたい利用法、必ずしも下記の通り利用しなければならないというものではない
base 自動起動の停止
- conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」が起動する（プロンプトの前に (base) と出ている状態）
(base) [myid@bias5-login ~/]$
- これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [hiroyo@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false
- conda でインストールしたものを使いたい時に起動し、使い終わったら終了する
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base (base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） (base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$
解析ワークフローごとに conda 環境を分ける
- bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする
[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python [myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$