「分子生物学データベース」の版間の差分
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<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | <td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | ||
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<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr> | <tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr> |
2012年6月13日 (水) 04:43時点における版
- 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス: /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス: /bio/db/ideas
データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
GenBank | genbank | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
GenBank-upd | genbank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
EMBL | embl | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
EMBL-upd | embl-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq/RefSeq-upd | 核酸塩基配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期/日々 | |
RefSeq/RefSeq-upd | 核酸塩基配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期/日々 | |
RefSeq Protein | refseq_protein | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期/日々 |
RefSeq Protein | refpep | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期/日々 |
EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 | |
pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
RefSeq-protein | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期 | |
UniProt | uniprot | TrEMBL + Swissprot | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
PDB | pdb | タンパク質立体構造 | FASTA, BLAST | 定期 |