「分子生物学データベース」の版間の差分
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2012年6月13日 (水) 04:49時点における版
- 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス: /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス: /bio/db/ideas
データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
GenBank | genbank | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
GenBank-upd | genbank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
EMBL | embl | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期 |
EMBL-upd | embl-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq | refseq | refnuc + refpep | DBGET | 日々 |
RefSeq Nuc. | refnuc | 核酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq Pep. | refpep | タンパク質アミノ酸塩基配列 | DBGET | 日々 |
RefSeq Protein | refseq_protein | タンパク質アミノ酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
RefSeq Genomic | refseq_genomic | ゲノム塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
RefSeq Protein | refseq_rna | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 日々 |
EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 | |
pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
RefSeq-protein | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期 | |
UniProt | uniprot | TrEMBL + Swissprot | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
PDB | pdb | タンパク質立体構造 | FASTA, BLAST | 定期 |