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**qsubオプション <code>#PBS -l mem=8G</code> PBSが使うメモリの大きさを指定できます(これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了) | **qsubオプション <code>#PBS -l mem=8G</code> PBSが使うメモリの大きさを指定できます(これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了) | ||
2021年6月18日 (金) 04:07時点における版
ログイン関連
- ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか?(最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です)
- ログインするマシン名は正しいですか?
bias5.nibb.ac.jp
- パスワードは正しいですか?
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか?(所内ユーザのみ・お問い合わせください)
ログインしてから
- 反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか? ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
- core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
- 消していただいてかまいません コアダンプ
- MPI関連のプログラムはどこにある?
/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin
です コンパイラ:mpicc もここ
- データベース(RDBMS)が使いたいです
- mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
- virtuosoもあるよ
PBS関連
- プログラムが実行されません
- パス(path)が通っていますか? "パスが通っている"とは
- PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください
- メモリが不足しそうですが実行していいですか
- よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
- メモリ制限について もご覧ください
- qsubオプション
#PBS -l mem=8G
PBSが使うメモリの大きさを指定できます(これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了)
- ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません 並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96
- ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず
qstat -j your_job_id | grep reason
など実行して理由を確認しましょう(データ読み書きのパスは正しいですか?) - 理由が取り除けたら、
qmod -cj your_job_id
で再投入 - 取り除けないエラーなら
qdel your_job_id
で削除して出直しましょう
- とりあえず
- 異常終了したのに eファイルとoファイルが作成されない
tracejob your_job_id
で原因を探りましょう- わからない場合、そのジョブIDを support@nibb.ac.jp(@を半角に)までお知らせください
- リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
tracejob your_job_id
で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう- 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。
qstat -nr1t
とすると畳まれていたアレイジョブが見えます
- javaのバージョンが古すぎて動きません
- システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
- Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH
とパスを通します
- 順次作成中 ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support@nibb.ac.jp(@を半角に) まで