「Tips & FAQ」の版間の差分
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*プログラムが実行されません | *プログラムが実行されません | ||
**modulesを使っている場合は正しく設定されていますか? [[%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E6%B8%88%E3%81%BF%E5%88%86%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9|インストール済みソフトウェアの使い方]] | |||
**パス(path)が通っていますか? [http://www.obenri.com/_operation/path_through.html "パスが通っている"とは] | **パス(path)が通っていますか? [http://www.obenri.com/_operation/path_through.html "パスが通っている"とは] | ||
**PBSに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください | **PBSに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください | ||
* 途中終了して、「=>> PBS: job killed: mem 3977304kb exceeded limit 3686400kb」というエラー | |||
** small, medium, large, blast キューでは、メモリ制限をしています [[%E3%82%B8%E3%83%A7%E3%83%96%E7%AE%A1%E7%90%86%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0_PBS%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9F%E8%A8%88%E7%AE%97%E6%A9%9F%E3%81%AE%E5%88%A9%E7%94%A8#.E3.83.A1.E3.83.A2.E3.83.AA.E5.88.B6.E9.99.90.E3.81.AB.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.A6|メモリ制限について]] | |||
** qsubオプション <code>#PBS -l mem=8G</code> で要求メモリを増やして再度 qsub してください | |||
*メモリが不足しそうですが実行していいですか | *メモリが不足しそうですが実行していいですか | ||
**よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい | **よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい | ||
** | **blastキューは188GBまで要求メモリ量を増やせるので、smp[s|m|l] に入れる前に試してみてください | ||
** | **blastキューで上限の188GBを確保する場合、bias5-node[01-20]の一台をまるまる占有することになります | ||
**[[%E3%82%B8%E3%83%A7%E3%83%96%E7%AE%A1%E7%90%86%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0_PBS%E3%82%92%E7%94%A8%E3%81%84%E3%81%9F%E8%A8%88%E7%AE%97%E6%A9%9F%E3%81%AE%E5%88%A9%E7%94%A8#.E3.83.A1.E3.83.A2.E3.83.AA.E5.88.B6.E9.99.90.E3.81.AB.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.A6|メモリ制限について]] もご覧ください | |||
*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です | *ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です | ||
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*ジョブがステータスEqwで止まってしまった | *ジョブがステータスEqwで止まってしまった | ||
**とりあえず <code>qstat - | **とりあえず <code>qstat -f job_id | grep reason</code> など実行して理由を確認しましょう(データ読み書きのパスは正しいですか?) | ||
**理由が取り除けたら、<code> | **理由が取り除けたら、<code>qrls job_id</code>で再投入 | ||
**取り除けないエラーなら <code>qdel | **取り除けないエラーなら <code>qdel job_id</code>で削除して出直しましょう | ||
* | *異常終了して、eファイルとoファイルが作成されない | ||
**<code>tracejob | **<code>tracejob job_id</code> で原因を探りましょう | ||
**わからない場合、そのジョブIDを support@nibb.ac.jp(@を半角に)までお知らせください | **わからない場合、そのジョブIDを support@nibb.ac.jp(@を半角に)までお知らせください | ||
*リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない | *リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない | ||
**<code>tracejob | **<code>tracejob job_id</code> で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう | ||
**実はアレイジョブが占有しているかもしれません。 <code>qstat -nr1t</code> とすると畳まれていたアレイジョブが見えます | **実はアレイジョブが占有しているかもしれません。 <code>qstat -nr1t</code> とすると畳まれていたアレイジョブが見えます | ||
*ジョブが振られたホストのローカルディスクを満杯にしてしまった | |||
**まずは support@nibb.ac.jp(@を半角に) までご連絡ください | |||
**考えられる原因は2つ | |||
**1) 一時ファイルが大量に作られる | |||
*** ソフトウェアのドキュメントに、temporary file の置き場所を決められるオプションがあるはず | |||
**2) 途中のエラーでユーザのアクションを促されるが(上書きするか?等)PBS経由では反応できないため標準出力に延々とメッセージが繰り替えされる | |||
*** 原因を取り除いて再度実行する | |||
=== その他 === | |||
*numactlを使いたい | |||
** diaf-smp[1,2] に実装されていますので、smpsキューでそちらに振ってください | |||
*javaのバージョンが古すぎて動きません | *javaのバージョンが古すぎて動きません | ||
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**Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法] | **Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法] | ||
**<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code> とパスを通します | **<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code> とパスを通します | ||
*順次作成中 ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support@nibb.ac.jp(@を半角に) まで | *順次作成中 ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support@nibb.ac.jp(@を半角に) まで |
2021年11月5日 (金) 03:02時点における最新版
ログイン関連
- ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか?(最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です)
- ログインするマシン名は正しいですか?
bias5.nibb.ac.jp
- パスワードは正しいですか?
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか?(所内ユーザのみ・お問い合わせください)
ログインしてから
- 反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか? ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
- core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
- 消していただいてかまいません コアダンプ
- MPI関連のプログラムはどこにある?
/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin
です コンパイラ:mpicc もここ
- データベース(RDBMS)が使いたいです
- mysql、postgresql、Sqlite3を用意しています。お問い合わせください
- virtuosoもあるよ
- Dockerが使いたいです
- Docker利用は対応していません
- コンテナイメージファイルを用意して、Singularity を利用してください
- コンテナ(Singularity)の利用
PBS関連
- プログラムが実行されません
- modulesを使っている場合は正しく設定されていますか? インストール済みソフトウェアの使い方
- パス(path)が通っていますか? "パスが通っている"とは
- PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください
- 途中終了して、「=>> PBS: job killed: mem 3977304kb exceeded limit 3686400kb」というエラー
- small, medium, large, blast キューでは、メモリ制限をしています メモリ制限について
- qsubオプション
#PBS -l mem=8G
で要求メモリを増やして再度 qsub してください
- メモリが不足しそうですが実行していいですか
- よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
- blastキューは188GBまで要求メモリ量を増やせるので、smp[s|m|l] に入れる前に試してみてください
- blastキューで上限の188GBを確保する場合、bias5-node[01-20]の一台をまるまる占有することになります
- メモリ制限について もご覧ください
- ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません 並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96
- ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず
qstat -f job_id | grep reason
など実行して理由を確認しましょう(データ読み書きのパスは正しいですか?) - 理由が取り除けたら、
qrls job_id
で再投入 - 取り除けないエラーなら
qdel job_id
で削除して出直しましょう
- とりあえず
- 異常終了して、eファイルとoファイルが作成されない
tracejob job_id
で原因を探りましょう- わからない場合、そのジョブIDを support@nibb.ac.jp(@を半角に)までお知らせください
- リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
tracejob job_id
で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう- 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。
qstat -nr1t
とすると畳まれていたアレイジョブが見えます
- ジョブが振られたホストのローカルディスクを満杯にしてしまった
- まずは support@nibb.ac.jp(@を半角に) までご連絡ください
- 考えられる原因は2つ
- 1) 一時ファイルが大量に作られる
- ソフトウェアのドキュメントに、temporary file の置き場所を決められるオプションがあるはず
- 2) 途中のエラーでユーザのアクションを促されるが(上書きするか?等)PBS経由では反応できないため標準出力に延々とメッセージが繰り替えされる
- 原因を取り除いて再度実行する
その他
- numactlを使いたい
- diaf-smp[1,2] に実装されていますので、smpsキューでそちらに振ってください
- javaのバージョンが古すぎて動きません
- システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
- Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH
とパスを通します
- 順次作成中 ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support@nibb.ac.jp(@を半角に) まで