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**Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法] | **Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法] | ||
**<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code> とパスを通します | **<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code> とパスを通します | ||
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2021年11月5日 (金) 02:45時点における版
ログイン関連
- ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか?(最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です)
- ログインするマシン名は正しいですか?
bias5.nibb.ac.jp
- パスワードは正しいですか?
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか?(所内ユーザのみ・お問い合わせください)
ログインしてから
- 反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか? ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
- core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
- 消していただいてかまいません コアダンプ
- MPI関連のプログラムはどこにある?
/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin
です コンパイラ:mpicc もここ
- データベース(RDBMS)が使いたいです
- mysql、postgresql、Sqlite3を用意しています。お問い合わせください
- virtuosoもあるよ
- Dockerが使いたいです
- Docker利用は対応していません
- コンテナイメージファイルを用意して、Singularity を利用してください
- コンテナ(Singularity)の利用
PBS関連
- プログラムが実行されません
- modulesを使っている場合は正しく設定されていますか? インストール済みソフトウェアの使い方
- パス(path)が通っていますか? "パスが通っている"とは
- PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください
- 途中終了して、「=>> PBS: job killed: mem 3977304kb exceeded limit 3686400kb」というエラー
- small, medium, large, blast キューでは、メモリ制限をしています メモリ制限について
- qsubオプション
#PBS -l mem=8G
で要求メモリを増やして再度 qsub してください
- メモリが不足しそうですが実行していいですか
- よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
- blastキューは188GBまで要求メモリ量を増やせるので、smp[s|m|l] に入れる前に試してみてください
- blastキューで上限の188GBを確保する場合、bias5-node[01-20]の一台をまるまる占有することになります
- メモリ制限について もご覧ください
- ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません 並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96
- ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず
qstat -f job_id | grep reason
など実行して理由を確認しましょう(データ読み書きのパスは正しいですか?) - 理由が取り除けたら、
qrls job_id
で再投入 - 取り除けないエラーなら
qdel job_id
で削除して出直しましょう
- とりあえず
- 異常終了して、eファイルとoファイルが作成されない
tracejob job_id
で原因を探りましょう- わからない場合、そのジョブIDを support@nibb.ac.jp(@を半角に)までお知らせください
- リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
tracejob job_id
で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう- 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。
qstat -nr1t
とすると畳まれていたアレイジョブが見えます
- javaのバージョンが古すぎて動きません
- システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
- Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH
とパスを通します
その他
- numactlを使いたい
- diaf-smp[1,2] に実装されていますので、smpsキューでそちらに振ってください
- 順次作成中 ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support@nibb.ac.jp(@を半角に) まで