「コンテナの利用」の版間の差分

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===ロードマップ===
{{Note|Dockerはお使いいただけません|error}}
#<code>module load singularity/3.0</code> : singularityモジュールの読み込み
* 下記のいずれかの方法をお使いください
#すでに.sifファイル（コンテナイメージファイル）があればそれを利用する
**自分のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピー
##当方で用意した [[.sifファイル一覧]]
**既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う [[.sifファイル一覧]]
#なければ、<code>singularity build</code> でコンテナイメージファイルを用意
**<code>singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
#qsub用スクリプトに <code>singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options]</code> を書く
*<code>singularity exec</code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行ください
#実行
 


===BUSCO 5.1.3 の例===
===BUSCO 5.1.3 の例===

2021年6月21日 (月) 08:06時点における版

Dockerはお使いいただけません
  • 下記のいずれかの方法をお使いください
    • 自分のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピー
    • 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う .sifファイル一覧
    • singularity build コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
  • singularity exec コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行ください


BUSCO 5.1.3 の例

  1. BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
  2. Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
  3. タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
  4. bias5上で、module load singularity/3.0
  5. 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する　
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
  1. qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/3.0
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
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