「コンテナの利用」の版間の差分

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編集の要約なし
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**自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
**自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
***[https://biocontainers.pro/ BioContainers]からSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
***[https://biocontainers.pro/ BioContainers]からSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
{{Note|[[コンテナファイル一覧]]とダブっていないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に|warn}}
 
**<code> singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
**<code> singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する


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===コンテナイメージファイルをビルドする===
===コンテナイメージファイルをビルドする===
{{Note|[[コンテナファイル一覧]]とダブっていないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に|warn}}
#BUSCOのWebサイト[https://busco.ezlab.org]から Docker container をクリック
#BUSCOのWebサイト[https://busco.ezlab.org]から Docker container をクリック
#Docker hub のページ[https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated]から使いたいTAGをクリック
#Docker hub のページ[https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated]から使いたいTAGをクリック

2021年6月22日 (火) 07:42時点における版

  • 下記のいずれかの方法をお使いください
    • 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う コンテナファイル一覧
    • 自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
      • BioContainersからSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
    • singularity build コマンドでコンテナイメージファイルを作成する


  • singularity exec コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
  • 基本のコマンド記法
singularity exec image_file_name command [options]


コンテナイメージファイルを使う

  1. コンテナファイル一覧 から使うものを確認（今回は BUSCO 5.1.3）
  2. qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/3.0
singularity exec /bio/container/BUSCO/5.1.3/busco_5.1.3--pyhdfd78af_0 busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

コンテナイメージファイルをビルドする

コンテナファイル一覧とダブっていないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に
  1. BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
  2. Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
  3. タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
  4. bias5上で、module load singularity/3.0
  5. 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する　
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
  1. qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/3.0
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10


Dockerコマンドはご利用いただけません
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