「コンテナの利用」の版間の差分

2021年12月27日 (月) 02:03時点における最新版

コンテナ利用環境としてSingularityがインストールされています。SingularityでDockerイメージをビルドすることができます。

下記の3つのうち、いずれかの方法でお使いください
- 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う
  - コンテナファイル一覧
- 自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
  - BioContainersからSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
- singularity build コマンドでコンテナイメージファイルを作成する

コンテナイメージファイルを準備できたら、 singularity exec コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
基本のコマンド記法

singularity exec container_image_file_name command [options]

コンテナが認識できる実空間は${HOME}のみです。ファイルの読込み、結果の出力共にホームディレクトリ以外の場所は使えません

コンテナイメージファイルを使う

コンテナファイル一覧から使うものを確認（今回は BUSCO 5.1.3）
qsub用スクリプトの書き方

source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity
singularity exec /bio/container/BUSCO/5.1.3/busco_5.1.3--pyhdfd78af_0 busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

コンテナイメージファイルをビルドする

コンテナファイル一覧と重複ないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に

BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
bias5上で、module load singularity
「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する

singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1

qsub用スクリプトの書き方

source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

Dockerコマンドはご利用いただけません

@@ 1行目: / 1行目: @@
+コンテナ利用環境としてSingularityがインストールされています。SingularityでDockerイメージをビルドすることができます。
-* 下記のいずれかの方法をお使いください
+* 下記の3つのうち、いずれかの方法でお使いください
-**既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う [[コンテナファイル一覧]]
+**既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う
+*** [[コンテナファイル一覧]]
 **自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル）をbias5上にコピーして使う
 ***[https://biocontainers.pro/ BioContainers]からSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
 **<code> singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
-*<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
+*コンテナイメージファイルを準備できたら、<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
 *基本のコマンド記法
-<pre>singularity exec image_file_name command [options]</pre>
+<pre>singularity exec container_image_file_name command [options]</pre>
+{{Note|コンテナが認識できる実空間は${HOME}のみです。ファイルの読込み、結果の出力共にホームディレクトリ以外の場所は使えません|warn}}
 ===コンテナイメージファイルを使う===
@@ 20行目: / 22行目: @@
 <pre>
 source /etc/profile.d/modules.sh
-module load singularity/3.0
+module load singularity
 singularity exec /bio/container/BUSCO/5.1.3/busco_5.1.3--pyhdfd78af_0 busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
 </pre>
 ===コンテナイメージファイルをビルドする===
-{{Note|[[コンテナファイル一覧]]とダブっていないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に|warn}}
+{{Note|[[コンテナファイル一覧]] と重複ないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に|warn}}
 #BUSCOのWebサイト[https://busco.ezlab.org]から Docker container をクリック
 #Docker hub のページ[https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated]から使いたいTAGをクリック
 #タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
-#bias5上で、<code>module load singularity/3.0</code>
+#bias5上で、<code>module load singularity</code>
 #「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
 <pre>singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1</pre>
@@ 36行目: / 38行目: @@
 <pre>
 source /etc/profile.d/modules.sh
-module load singularity/3.0
+module load singularity
-singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
+singularity exec busco513.sif busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
 </pre>
 {{Note|Dockerコマンドはご利用いただけません|error}}

「コンテナの利用」の版間の差分

2021年12月27日 (月) 02:03時点における最新版

コンテナイメージファイルを使う

コンテナイメージファイルをビルドする

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