「コンテナの利用」の版間の差分
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*<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること | *コンテナイメージファイルを準備できたら、<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること | ||
*基本のコマンド記法 | *基本のコマンド記法 | ||
<pre>singularity exec container_image_file_name command [options]</pre> | <pre>singularity exec container_image_file_name command [options]</pre> |
2021年12月27日 (月) 02:03時点における最新版
コンテナ利用環境としてSingularityがインストールされています。SingularityでDockerイメージをビルドすることができます。
- 下記の3つのうち、いずれかの方法でお使いください
- 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う
- 自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル)をbias5上にコピーして使う
- BioContainersからSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
singularity build
コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
- コンテナイメージファイルを準備できたら、
singularity exec
コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること - 基本のコマンド記法
singularity exec container_image_file_name command [options]
コンテナが認識できる実空間は${HOME}のみです。ファイルの読込み、結果の出力共にホームディレクトリ以外の場所は使えません
コンテナイメージファイルを使う
- コンテナファイル一覧 から使うものを確認(今回は BUSCO 5.1.3)
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity singularity exec /bio/container/BUSCO/5.1.3/busco_5.1.3--pyhdfd78af_0 busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
コンテナイメージファイルをビルドする
コンテナファイル一覧 と重複ないか確認ください。コンテナイメージはライブラリ等全てを内包するため大容量です。限りあるディスク資源を大切に
- BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
- Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
- タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
- bias5上で、
module load singularity
- 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity singularity exec busco513.sif busco -i sample.fa -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
Dockerコマンドはご利用いただけません