「Tips & FAQ」の版間の差分

2016年7月28日 (木) 06:51時点における版

ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は ovs.orion.ac.jpです）
- パスワードは正しいですか？
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）

コマンドが実行されません
- パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
- SGEに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください

反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をSGE経由でなくそのまま実行していませんか？　バッチジョブ投入システム SunGridEngine を用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください

メモリが不足しそうですが実行していいですか
- 実行するメモリ空き容量を指定したり、SGEが使用するメモリ量を指定したりしてください
  - qsubオプション -l h_vmem=8G　SGEが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
  - qsubオプション -l virtual_free=8G　メモリの空きが指定分ある場合に実行（不足している場合はpending）

ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96

ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず　qstat -j your_job_id | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
- 理由が取り除けたら、qmod -cj your_job_id で再投入
- 取り除けないエラーなら　qdel your_job_id で削除して出直しましょう

javaのバージョンが古すぎて動きません
- システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
- Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
- export PATH=/home/your_id/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します

コンパイラ古くない？
- 魔法の一行コマンド:　scl enable devtoolset-3 bash　を実行してください。gcc4.9 が使えるようになります
- bias4の、/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin に gcc4.8.2 g++4.8.2 が入ってます。CC=/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin/gcc とかでmakeしてもいいです

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 *ジョブがステータスEqwで止まってしまった
-**とりあえず　qstat -j ''job_id'' | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
+**とりあえず　qstat -j ''your_job_id'' | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
-**理由が取り除けたら、qmod -cj ''job_id'' で再投入
+**理由が取り除けたら、qmod -cj ''your_job_id'' で再投入
-**取り除けないエラーなら　qdel ''job_id'' で削除して出直しましょう
+**取り除けないエラーなら　qdel ''your_job_id'' で削除して出直しましょう
 *javaのバージョンが新しすぎて動きません
 **Trinity のことでしたらメールで一声おかけください、回避方法があります
+*javaのバージョンが古すぎて動きません
+**システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
+**Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法]
+** export PATH=/home/your_id/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します
 *データベース(RDBMS)が使いたいです