「Tips & FAQ」の版間の差分

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編集の要約なし
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**SGEに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください
**SGEに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください


*もっと高度な並列化がしたいです
*MPI関連のコマンドはどこにある？
**make PE などあります。お問い合わせください
**/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin/　です　コンパイラ：mpicc もここ


*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
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*反応が非常に遅いです
*反応が非常に遅いです
**巨大な計算をSGE経由でなくそのまま実行していませんか？　[[バッチジョブ投入システム SunGridEngine を用いた計算機の利用]]
**巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか？　[[バッチジョブ投入システムPBSを用いた計算機の利用]]
**ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
**ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください


*メモリが不足しそうですが実行していいですか
*メモリが不足しそうですが実行していいですか
**実行するメモリ空き容量を指定したり、SGEが使用するメモリ量を指定したりしてください
**よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
***qsubオプション '''-l h_vmem=8G'''　SGEが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
**実行するメモリ空き容量を指定したり、PBSが使用するメモリ量を指定したりしてください
***qsubオプション '''-l virtual_free=8G'''　メモリの空きが指定分ある場合に実行（不足している場合はpending）
***qsubオプション '''-l mem=8G'''　PBSが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）


*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
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**取り除けないエラーなら　qdel ''your_job_id'' で削除して出直しましょう
**取り除けないエラーなら　qdel ''your_job_id'' で削除して出直しましょう


*javaのバージョンが新しすぎて動きません
**Trinity のことでしたらメールで一声おかけください、回避方法があります


*javaのバージョンが古すぎて動きません
*javaのバージョンが古すぎて動きません
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**virtuosoもあるよ
**virtuosoもあるよ


*コンパイラ古くない？
 
**魔法の一行コマンド:　scl enable devtoolset-3 bash　を実行してください。gcc4.9 が使えるようになります
**bias4の、/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin に gcc4.8.2 g++4.8.2 が入ってます。CC=/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin/gcc とかでmakeしてもいいです




*順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで
*順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで

2018年6月25日 (月) 05:01時点における版

  • ログインできません
    • VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は ovs.orion.ac.jpです）
    • パスワードは正しいですか？
    • UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）
  • コマンドが実行されません
    • パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
    • SGEに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください
  • MPI関連のコマンドはどこにある？
    • /usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin/　です　コンパイラ：mpicc もここ
  • core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
  • メモリが不足しそうですが実行していいですか
    • よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
    • 実行するメモリ空き容量を指定したり、PBSが使用するメモリ量を指定したりしてください
      • qsubオプション -l mem=8G　PBSが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
  • ジョブがステータスEqwで止まってしまった
    • とりあえず　qstat -j your_job_id | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
    • 理由が取り除けたら、qmod -cj your_job_id で再投入
    • 取り除けないエラーなら　qdel your_job_id で削除して出直しましょう


  • javaのバージョンが古すぎて動きません
    • システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
    • Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
    • export PATH=/home/your_id/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します
  • データベース(RDBMS)が使いたいです
    • mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
    • virtuosoもあるよ



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