「生物情報解析システム」の版間の差分
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*2018年6月11日に、生物情報解析システム Version5 へと、更新されました | *2018年6月11日に、生物情報解析システム Version5 へと、更新されました | ||
**分散処理システムのエンジンが、SunGridEngine (SGE) から '''PBS Pro''' へと変更になりました。これまでの qsub用スクリプトファイルはそのままでは動かなくなります。詳細は下記をご覧ください。 | **分散処理システムのエンジンが、SunGridEngine (SGE) から '''PBS Pro''' へと変更になりました。これまでの qsub用スクリプトファイルはそのままでは動かなくなります。詳細は下記をご覧ください。 | ||
***[[SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法]] | ***[[SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法]] | ||
== 概要 == | == 概要 == |
2019年6月26日 (水) 08:10時点における版
重要なお知らせ
- 2018年6月11日に、生物情報解析システム Version5 へと、更新されました
- 分散処理システムのエンジンが、SunGridEngine (SGE) から PBS Pro へと変更になりました。これまでの qsub用スクリプトファイルはそのままでは動かなくなります。詳細は下記をご覧ください。
概要
- 生物情報解析システム Version5 は、2018年6月から運用中です。
- 「共有メモリ型計算サーバ」メインメモリ 3TB (メモリが多く必要な解析に)
- 「分散処理用計算機クラスタ」800コア (CPUを沢山使って分散処理したい解析に)
- 基礎生物学研究所内の方はもちろん、所外の研究者の方にもお使いいただけます。ユーザーアカウントの取得方法
- 利用資格などは内規をご覧ください。 生物情報解析システム:利用内規
- 全てのアプリケーション、データベース/ホームディレクトリを含めた全てのディスク領域は、全計算機から同様に使うことができます。
- システムをお使いいただくには「UNIXコマンドの知識」があることが前提になります。デスクトップ画面はありません。
- 2018年6月20日に実施されました「利用者説明会資料」を下記に置きました(アクセスにはVPN接続が必要です)
障害・障害復旧情報
- ldas-smp 復活しました (2019/06/14〜)
停止予定
- 停止予定はありません
システム構成
利用手続き
使い方
- SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法
- ログイン
- ローカルマシンからデータをコピーする
- インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方
- ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用
- 並列計算の実行
- 一人あたり利用可能なディスク容量について
- Tips & FAQ