「Tips & FAQ」の版間の差分

2021年6月16日 (水) 08:09時点における版

ログインできません
- VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
- ログインするマシン名は正しいですか？　bias5.nibb.ac.jp
- パスワードは正しいですか？
- UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）

コマンドが実行されません
- パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
- PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください

MPI関連のコマンドはどこにある？
- /usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin　です　コンパイラ：mpicc もここ

反応が非常に遅いです
- 巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか？　バッチジョブ投入システムPBSを用いた計算機の利用
- ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください

メモリが不足しそうですが実行していいですか
- よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
- qsubオプション -l mem=8G　PBSが使うメモリの大きさを指定できます（これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了）

ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
- 「アレイジョブ」機能を使えば幸せになれるかもしれません　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96

ジョブがステータスEqwで止まってしまった
- とりあえず　qstat -j your_job_id　 | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
- 理由が取り除けたら、qmod -cj your_job_idで再投入
- 取り除けないエラーなら　qdel your_job_idで削除して出直しましょう

異常終了したのに eファイルとoファイルが作成されない
- tracejob your_job_id で原因を探りましょう
- わからない場合、そのジョブIDを support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）までお知らせください

リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
- tracejob your_job_id で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう
- 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。　qstat -nr1t とすると畳まれていたアレイジョブが見えます

javaのバージョンが古すぎて動きません
- システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
- Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
- export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します

core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
- 消していただいてかまいません　コアダンプ

データベース(RDBMS)が使いたいです
- mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
- virtuosoもあるよ

順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）まで

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 *ログインできません
-**VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は ovs.orion.ac.jpです）
+**VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
+** ログインするマシン名は正しいですか？　<code>bias5.nibb.ac.jp</code>
 **パスワードは正しいですか？
 **UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）
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 *MPI関連のコマンドはどこにある？
 **<code>/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin</code>　です　コンパイラ：mpicc もここ
-*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
-**消していただいてかまいません　[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%97 コアダンプ]
 *反応が非常に遅いです
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 *メモリが不足しそうですが実行していいですか
 **よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
-**実行するメモリ空き容量を指定したり、PBSが使用するメモリ量を指定したりしてください
+**qsubオプション '''-l mem=8G'''　PBSが使うメモリの大きさを指定できます（これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了）
-***qsubオプション '''-l mem=8G'''　PBSが使うメモリの大きさを指定（これを超えるとジョブは強制終了）
 *ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
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 *ジョブがステータスEqwで止まってしまった
-**とりあえず　<code>qstat -j ''your_job_id''  |   grep reason</code>　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
+**とりあえず　<code>qstat -j your_job_id　 |  grep reason</code>　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
-**理由が取り除けたら、<code>qmod -cj ''your_job_id'' </code>で再投入
+**理由が取り除けたら、<code>qmod -cj your_job_id</code>で再投入
-**取り除けないエラーなら　<code>qdel ''your_job_id'' </code>で削除して出直しましょう
+**取り除けないエラーなら　<code>qdel your_job_id</code>で削除して出直しましょう
 *異常終了したのに eファイルとoファイルが作成されない
-**<code>tracejob ''your_job_id''</code> で原因を探りましょう
+**<code>tracejob your_job_id</code> で原因を探りましょう
 **わからない場合、そのジョブIDを support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）までお知らせください
+*リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
+**<code>tracejob your_job_id</code> で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう
+**実はアレイジョブが占有しているかもしれません。　<code>qstat -nr1t</code> とすると畳まれていたアレイジョブが見えます
 *javaのバージョンが古すぎて動きません
 **システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
 **Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法]
-**<code>export PATH=/home/your_id/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code>　とパスを通します
+**<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code>　とパスを通します
+*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
+**消していただいてかまいません　[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%97 コアダンプ]
 *データベース(RDBMS)が使いたいです

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