「Tips & FAQ」の版間の差分

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=== ログイン関連 ===
*ログインできません
*ログインできません
**VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
**VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
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**UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）
**UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）


*コマンドが実行されません
=== ログインしてから ===
**パス(path)が通っていますか？　[http://www.obenri.com/_operation/path_through.html　"パスが通っている"とは]
*反応が非常に遅いです
**PBSに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください
**巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか？　[[ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用]]
**ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
 
*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
**消していただいてかまいません　[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%97 コアダンプ]


*MPI関連のコマンドはどこにある？
*MPI関連のプログラムはどこにある？
**<code>/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin</code>　です　コンパイラ：mpicc もここ
**<code>/usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin</code>　です　コンパイラ：mpicc もここ


*反応が非常に遅いです
*データベース(RDBMS)が使いたいです
**巨大な計算をPBS経由でなくそのまま実行していませんか？　[[ジョブ管理システム PBSを用いた計算機の利用]]
**mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
**ディスクがいっぱいか、誰かがCPU/メモリを専有しているかもしれません、ご連絡ください
**virtuosoもあるよ
 
=== PBS関連 ===
*プログラムが実行されません
**パス(path)が通っていますか？　[http://www.obenri.com/_operation/path_through.html　"パスが通っている"とは]
**PBSに渡すジョブファイル中では、'''何もかも'''フルパスで書いてみてください


*メモリが不足しそうですが実行していいですか
*メモリが不足しそうですが実行していいですか
**よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
**よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
**qsubオプション '''-l mem=8G'''　PBSが使うメモリの大きさを指定できます（これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了）
**qsubオプション <code>#PBS -l mem=8G</code>　PBSが使うメモリの大きさを指定できます（これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了）


*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
*ジョブファイルをたくさん用意するのが面倒です
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**Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法]
**Linuxプラットフォーム用Javaの場合 [https://www.java.com/ja/download/help/linux_install.xml javaインストール方法]
**<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code>　とパスを通します
**<code>export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH</code>　とパスを通します
*core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
**消していただいてかまいません　[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%97 コアダンプ]
*データベース(RDBMS)が使いたいです
**mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
**virtuosoもあるよ






*順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで
*順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで

2021年6月18日 (金) 04:04時点における版

ログイン関連

  • ログインできません
    • VPNの接続先は正しいですか？（最初の接続先は pa-gate.orion.ac.jp (PaloAlto) または、ovs.orion.ac.jp (AnyConnect) です）
    • ログインするマシン名は正しいですか？　bias5.nibb.ac.jp
    • パスワードは正しいですか？
    • UNIXログイン、シェルが有効になっていますか？（所内ユーザのみ・お問い合わせください）

ログインしてから

  • core.NNNNN ていうサイズの大きな覚えのないファイルがたくさんあります
  • MPI関連のプログラムはどこにある？
    • /usr/mpi/gcc/openmpi-3.1.0rc2/bin　です　コンパイラ：mpicc もここ
  • データベース(RDBMS)が使いたいです
    • mysqlとpostgresqlを用意しています。お問い合わせください
    • virtuosoもあるよ

PBS関連

  • プログラムが実行されません
    • パス(path)が通っていますか？　"パスが通っている"とは
    • PBSに渡すジョブファイル中では、何もかもフルパスで書いてみてください
  • メモリが不足しそうですが実行していいですか
    • よくはないが、利用メモリ量を推測することは難しい
    • qsubオプション #PBS -l mem=8G　PBSが使うメモリの大きさを指定できます（これを超えると、small, medium, large, blast キューのジョブは強制終了）
  • ジョブがステータスEqwで止まってしまった
    • とりあえず　qstat -j your_job_id　 | grep reason　など実行して理由を確認しましょう（データ読み書きのパスは正しいですか？）
    • 理由が取り除けたら、qmod -cj your_job_idで再投入
    • 取り除けないエラーなら　qdel your_job_idで削除して出直しましょう
  • 異常終了したのに eファイルとoファイルが作成されない
    • tracejob your_job_id で原因を探りましょう
    • わからない場合、そのジョブIDを support＠nibb.ac.jp（＠を半角に）までお知らせください
  • リソースは空いているように見えるのにジョブがQ状態のまま実行されない
    • tracejob your_job_id で原因を探ったら、隙間に滑り込めるように要求リソース量を調整しましょう
    • 実はアレイジョブが占有しているかもしれません。　qstat -nr1t とすると畳まれていたアレイジョブが見えます
  • javaのバージョンが古すぎて動きません
    • システムのjavaは触る予定がありませんので、お手数ですがホームディレクトリに最新版をインストールしてください
    • Linuxプラットフォーム用Javaの場合 javaインストール方法
    • export PATH=/home/your_account/jdk1.8.0_91/bin:$PATH　とパスを通します


  • 順次作成中　ご質問、お問い合わせ、不具合の連絡などは support＠nibb.ac.jp（＠を半角に） まで
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