「コンテナの利用」の版間の差分

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===ロードマップ===
===ロードマップ===
#<code>module load singularity/3.0</code>
#<code>module load singularity/3.0</code> : singularityモジュールの読み込み
#<code>singularity build</code> でコンテナイメージファイルを用意  
#すでに.sifファイル（コンテナイメージファイル）があればそれを利用する
#<code>singularity exec [options] your_image.sif [container's_options]</code>
##当方で用意した.sif ファイル一覧[[.sifファイル一覧]]
#なければ、<code>singularity build</code> でコンテナイメージファイルを用意
#qsub用スクリプトに <code>singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options]</code> を書く
#実行


===BUSCO 5.1.3 の例===
===BUSCO 5.1.3 の例===
#<code>module load singularity/3.0</code>
#BUSCOのWebサイト[https://busco.ezlab.org]から Docker container をクリック
#https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated  
#Docker hub のページ[https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated]から使いたいTAGをクリック
#<code>singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1</code>
#タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
#bias5上で、<code>module load singularity/3.0</code>
#「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する　<code>singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1</code>  
#qsub用スクリプトの書き方
 
<pre>
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/3.0
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10

2021年6月21日 (月) 06:53時点における版

ロードマップ

  1. module load singularity/3.0 : singularityモジュールの読み込み
  2. すでに.sifファイル（コンテナイメージファイル）があればそれを利用する
    1. 当方で用意した.sif ファイル一覧.sifファイル一覧
  3. なければ、singularity build でコンテナイメージファイルを用意
  4. qsub用スクリプトに singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options] を書く
  5. 実行

BUSCO 5.1.3 の例

  1. BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
  2. Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
  3. タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
  4. bias5上で、module load singularity/3.0
  5. 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する　singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
  6. qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/3.0
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
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