「Conda利用の注意点」の版間の差分
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* qsub用スクリプト | |||
# source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく | |||
# conda activate してから、解析を実行 | |||
# 最後に conda deactivate | |||
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#PBS -q large | |||
source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh | |||
conda activate my_conda_bs5 | |||
cd ${PBS_O_WORKDIR} | |||
busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 | |||
conda deactivate | |||
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== base 自動起動の停止 == | == base 自動起動の停止 == | ||
{{Note|以下はcondaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません|reminder}} | |||
* conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する（プロンプトの前に (base) と出ている状態） | * conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する（プロンプトの前に (base) と出ている状態） | ||
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* conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する | * conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する | ||
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(base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） | (base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） | ||
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(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate | ||
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2022年11月15日 (火) 06:34時点における最新版
condaでインストールしたソフトウェアを使った解析も PBS 経由で行うこと
- qsub用スクリプト
- source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく
- conda activate してから、解析を実行
- 最後に conda deactivate
#!/bin/bash
#PBS -q large
source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate my_conda_bs5
cd ${PBS_O_WORKDIR}
busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10
conda deactivate
base 自動起動の停止
以下はcondaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません
- conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する（プロンプトの前に (base) と出ている状態）
(base) [myid@bias5-login ~/]$
- これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false
- conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base (base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業） (base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$
アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける
- bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする
[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python [myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10 (bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate [myid@bias5-login ~/]$