「分子生物学データベース」の版間の差分

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*生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
===生物情報解析システム上の分子生物学データベース===
**BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
**BLAST用データベースへのパス： <code>/bio/db/blast/db</code>
**フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
**diamond用データベースへのパス： <code>/bio/db/diamond/db</code>
**フラットファイルへのパス： <code>/bio/db/ideas</code>
**このほか、[[KEGG データベース]], [https://jp.support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html Illumina iGemons] が利用可能です。お問い合わせください
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<tr>
<tr>
<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr>
<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr>
<tr><td>GenBank/GenBank-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>フラット, DBGET </td><td>定期/日々</td></tr>
<tr><td>GenBank</td><td>genbank</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>EMBL/EMBL-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>フラット, DBGET </td><td>定期/日々</td></tr>
<tr><td>GenBank-upd </td><td>genbank-upd</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>フラット, DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr>
<tr><td>EMBL</td><td>embl</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>EMBL-upd </td><td>embl-upd</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq</td><td>refseq</td><td>refnuc + refpep</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq Nuc.</td><td>refnuc</td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq Pep.</td><td>refpep</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET</td><td>日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq Protein</td><td>refseq_protein</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq Genomic</td><td>refseq_genomic</td><td>ゲノム配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>RefSeq RNA</td><td>refseq_rna</td><td>RNA塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
 
<tr><td>EST_human<br>EST_mouse<br>EST_others </td><td>est_human<br>est_mouse<br>est_others</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>EST_human<br>EST_mouse<br>EST_others </td><td>est_human<br>est_mouse<br>est_others</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>NCBI nr-nt</td><td>nt</td><td>非冗長核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>NCBI nr-nt</td><td>nt</td><td>非冗長核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
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<tr><td>dbsts </td><td>dbsts</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>dbsts </td><td>dbsts</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>patnt </td><td>patnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>patnt </td><td>patnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>env_nt</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>env_nt</td><td>env_nt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
<tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST, diamond </td><td>定期</td></tr>
<tr><td> RefSeq-protein </td><td></td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>フラット, DBGET, FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
 
<tr><td>UniProt(TrEMBL. Swissprot) </td><td>trembl, swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>フラット, DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>UniProt</td><td>uniprot</td><td>TrEMBL + Swissprot </td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>TrEMBL</td><td>trembl</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>Swissprot </td><td>swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST, diamond</td><td> 日々</td></tr>
<tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>env_nr </td><td>env_nr</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
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<tr><td>pdbaa </td><td>pdbaa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>pdbaa </td><td>pdbaa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>PDB </td><td>pdb</td><td>タンパク質立体構造</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
<tr><td>PDB </td><td>pdb</td><td>タンパク質立体構造</td><td>DBGET</td><td>定期</td></tr>
 
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2021年6月21日 (月) 05:08時点における最新版

生物情報解析システム上の分子生物学データベース

    • BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
    • diamond用データベースへのパス： /bio/db/diamond/db
    • フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
    • このほか、KEGG データベース, Illumina iGemons が利用可能です。お問い合わせください


データベース名アクセス名説明フォーマット更新型
GenBankgenbank核酸塩基配列DBGET 定期
GenBank-upd genbank-upd核酸塩基配列DBGET 日々
EMBLembl核酸塩基配列DBGET 定期
EMBL-upd embl-upd核酸塩基配列DBGET 日々
RefSeqrefseqrefnuc + refpepDBGET日々
RefSeq Nuc.refnuc核酸塩基配列DBGET日々
RefSeq Pep.refpepタンパク質アミノ酸配列DBGET日々
RefSeq Proteinrefseq_proteinタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST, diamond 日々
RefSeq Genomicrefseq_genomicゲノム配列FASTA, BLAST 日々
RefSeq RNArefseq_rnaRNA塩基配列FASTA, BLAST 日々
EST_human
EST_mouse
EST_others 		est_human
est_mouse
est_others		核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
NCBI nr-ntnt非冗長核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
gss gss核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
HTGShtgs核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
dbsts dbsts核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
patnt patnt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
env_ntenv_nt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
pdbnt pdbnt核酸塩基配列FASTA, BLAST 定期
NCBI nr-aa nr非冗長アミノ酸配列FASTA, BLAST, diamond 定期
UniProtuniprotTrEMBL + Swissprot DBGET, FASTA, BLAST 日々
TrEMBLtremblタンパク質アミノ酸配列DBGET, FASTA, BLAST, diamond 日々
Swissprot swissprotタンパク質アミノ酸配列DBGET, FASTA, BLAST, diamond 日々
pataa pataaタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
env_nr env_nrタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
pdbaa pdbaaタンパク質アミノ酸配列FASTA, BLAST 定期
PDB pdbタンパク質立体構造DBGET定期
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