「コンテナの利用」の版間の差分
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**<code>singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する | **<code>singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する | ||
*<code>singularity exec</code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること | *<code>singularity exec</code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること |
2021年6月22日 (火) 07:08時点における版
- 下記のいずれかの方法をお使いください
- 自分のコンテナイメージファイル(.sifファイル)をbias5上にコピー
- 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う コンテナファイル一覧
singularity build
コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
singularity exec
コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
BUSCO 5.1.3 の例
- BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
- Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
- タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
- bias5上で、
module load singularity/3.0
- 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity/3.0 singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
Dockerコマンドはご利用いただけません