「コンテナの利用」の版間の差分
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* 下記のいずれかの方法をお使いください | * 下記のいずれかの方法をお使いください | ||
**既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う [[コンテナファイル一覧]] | **既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う [[コンテナファイル一覧]] | ||
**自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル)をbias5上にコピーして使う | |||
***[https://biocontainers.pro/ BioContainers]からSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい | |||
**<code> singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する | **<code> singularity build </code>コマンドでコンテナイメージファイルを作成する | ||
*<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること | *<code> singularity exec </code> コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること | ||
===bias5上にあるコンテナイメージファイルを使う=== | |||
#[[コンテナファイル一覧]] から使うものを確認(今回は BUSCO 5.1.3) | |||
#qsub用スクリプトの書き方 | |||
<pre> | |||
source /etc/profile.d/modules.sh | |||
module load singularity/3.0 | |||
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10 | |||
</pre> | |||
2021年6月22日 (火) 07:21時点における版
- 下記のいずれかの方法をお使いください
- 既にbias5上にあるコンテナイメージファイルを使う コンテナファイル一覧
- 自作のコンテナイメージファイル(.sifファイル)をbias5上にコピーして使う
- BioContainersからSingularity用のものをダウンロードし、bias5にコピーしたものでもよい
singularity build
コマンドでコンテナイメージファイルを作成する
singularity exec
コマンドをqsub用スクリプトファイルに記述し、PBS経由で実行すること
bias5上にあるコンテナイメージファイルを使う
- コンテナファイル一覧 から使うものを確認(今回は BUSCO 5.1.3)
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity/3.0 singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
BUSCO 5.1.3 の例
- BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
- Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
- タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
- bias5上で、
module load singularity/3.0
- 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity/3.0 singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10
Dockerコマンドはご利用いただけません