Conda利用の注意点

condaでインストールしたソフトウェアを使った解析も PBS 経由で行うこと

• qsub用スクリプト

1. source コマンドで、"condaディレクトリ/etc/profile.d/conda.sh" を呼んでおく
2. conda activate してから、解析を実行
3. 最後に conda deactivate

#!/bin/bash
#PBS -q large

source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate bs5
cd ${PBS_O_WORKDIR}
busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10
conda deactivate

condaトラブルを避けるために勧めたい利用法です。下記の通り利用しなければならないというものではありません

base 自動起動の停止

• conda (Miniconda または Anaconda) をホームディレクトリにインストールすると、ログインするたびに conda の「base」環境が起動する（プロンプトの前に (base) と出ている状態）

(base) [myid@bias5-login ~/]$     

• これはトラブルの元になることが多いので、conda を deactivate してからこの機能を停止する

(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
 [myid@bias5-login ~/]$ conda config --set auto_activate_base false

• conda でインストールしたアプリを使いたい時に base 環境を起動し、使い終わったら終了する

[myid@bias5-login ~/]$ conda activate base
(base) [myid@bias5-login ~/]$ （何か作業）
(base) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
[myid@bias5-login ~/]$

アプリケーションや解析ワークフローごとに conda 環境を分ける

• bs5 という名のconda環境を新しく作って busco をインストールする

[myid@bias5-login ~/]$ conda create --name bs5 python
[myid@bias5-login ~/]$ conda activate bas5
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda install -c conda-forge busco==5.2.2
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ busco -i mydata.fasta -m tran -o my_result -l eukaryota_odb10
(bs5) [myid@bias5-login ~/]$ conda deactivate
[myid@bias5-login ~/]$