「RCCS」の版間の差分
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===== ログイン方法 ===== | ===== ログイン方法 ===== | ||
* sshの公開鍵認証を使用します。パスワードは使えません | * sshの公開鍵認証を使用します。パスワードは使えません | ||
* [https://ccportal.ims.ac.jp/quickstartguide 鍵の作成とログインサーバへのログイン方法] | |||
===== 分子生物学用アプリケーションとデータベース ===== | ===== 分子生物学用アプリケーションとデータベース ===== |
2024年3月22日 (金) 01:04時点における版
計算科学研究センター(RCCS)への移行のためのページ
移行スケジュール
- 2024年3月末 新規利用者募集終了
- 2024年8月末 一般ユーザログイン終了
- 2024年9月末 bias5運用終了
申請方法とユーザーアカウント
RCCS公式サイト: RCCS利用申請/利用報告に関する情報
- 申請は「提案代表者」が研究グループ単位で行います。複数の研究グループメンバーを同時に申請できます。
- 利用資格は RCCS利用資格をご覧ください
- 学部学生、日本非居住者、企業に属する方は利用できません。
- 修士課程学生(6年制の5, 6学年含む)はメンバーになることができます
- 申請には NOUSを利用します
- 基生研HP内の申請システムNOUSの使い方・申請内容別記入例も参考にしてください
- 最初の「Select the institute」 で必ず「IMS: 分子科学研究所 - IMS-RCCS-A-ja 分子科学研究所[IMS]計算科学研究センター施設利用(A)」を選ぶこと
- bias5から継続利用される方は、各種区分では必ず「基礎生物学」を選ぶこと
- 下記の「CPU点数について」も参照ください。
biasとrccsのシステムの違い
RCCS公式サイト: RCCS計算機利用の手引き
- 基本は上記を参考にしてください
ログイン方法
- sshの公開鍵認証を使用します。パスワードは使えません
- 鍵の作成とログインサーバへのログイン方法
分子生物学用アプリケーションとデータベース
- 下記のコマンドで生物学解析実行用の設定を読み込みます。
source /apl/bio/etc/bio.sh
- bias5と同様にmoduleコマンドが使えます
module avail
- データベースへのパス:
/apl/bio/db
キューイング(ジョブ管理)システム
- RCCSオリジナルのコマンドを利用します
- PBSコマンドとの対応表
PBSコマンド | RCCSコマンド | 説明 |
---|---|---|
qsub file_name | jsub file_name | ジョブを投入する |
qstat -u my_account | jobinfo | 自分のジョブの状態を表示 |
qstat -[ifrt] | jobinfo -s | ジョブの詳細を表示 |
qstat -Qf queue_name | 指定したキューの設定と状態を表示 | |
qstat | 全てのジョブを表示 | |
qstat -t | 全てのジョブを表示(アレイジョブを展開) | |
qstat -u user_name | 指定したユーザの全ジョブを表示 | |
qstat -i -u user_name | 指定したユーザの実行待ちジョブを表示 | |
qstat -f jobID | 実行待ちになっている原因を表示(アレイジョブの場合は jobID[] と記述) | |
qstat -r | 実行中の全てのジョブを表示 | |
qstat -nr1 | 実行中の全てのジョブを実行ホストと共に1行で表示 | |
qstat -J | アレイジョブを表示 | |
qstat -J -t -nr1 | 実行中のアレイジョブを展開して詳細も表示 | |
qstat -x | 24時間以内のジョブ実行履歴を確認 | |
qdel jobID | 指定したIDのジョブを削除 | |
qdel -Wforce jobID | 指定したIDのジョブを強制的に削除 | |
qselect -u user_name | 指定したユーザの全ジョブIDを表示 | |
qselect -s Q -u user_name | 指定したユーザの実行待ちジョブIDを表示 | |
qhold jobID | 指定したIDのジョブ(待機中のみ)をホールド | |
qrls jobID | ホールド状態のジョブをリリース | |
tracejob jobID | 終了したjobIDの履歴を表示(当日のみ) |
キューについて
- 1CPUあたりに使えるメモリ量が決まっています
- 全体で使うメモリ量を指定することはできません。
- 例)
CPU点数について
- 利用できるリソースは「CPU点数制」になっています。