「分子生物学データベース」の版間の差分
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<td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | <td>データベース名</td><td>アクセス名</td><td>説明</td><td>フォーマット</td><td>更新型</td></tr> | ||
<tr><td>GenBank/GenBank-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td> | <tr><td>GenBank/GenBank-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期/日々</td></tr> | ||
<tr><td>EMBL/EMBL-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td> | <tr><td>EMBL/EMBL-upd </td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET </td><td>定期/日々</td></tr> | ||
<tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td> | <tr><td>RefSeq/RefSeq-upd</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 定期/日々</td></tr> | ||
<tr><td>EST_human<br>EST_mouse<br>EST_others </td><td>est_human<br>est_mouse<br>est_others</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>EST_human<br>EST_mouse<br>EST_others </td><td>est_human<br>est_mouse<br>est_others</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>NCBI nr-nt</td><td>nt</td><td>非冗長核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>NCBI nr-nt</td><td>nt</td><td>非冗長核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
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<tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>pdbnt </td><td>pdbnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
<tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>NCBI nr-aa </td><td>nr</td><td>非冗長アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td> RefSeq-protein </td><td></td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td> | <tr><td> RefSeq-protein </td><td></td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>UniProt(TrEMBL. Swissprot) </td><td>trembl, swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td> | <tr><td>UniProt(TrEMBL. Swissprot) </td><td>uniprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | ||
<tr><td>TrEMBL</td><td>trembl</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | |||
<tr><td>Swissprot </td><td>swissprot</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>DBGET, FASTA, BLAST</td><td> 日々</td></tr> | |||
<tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | <tr><td>pataa </td><td>pataa</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr> | ||
<tr><td>env_nr </td><td>env_nr</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | <tr><td>env_nr </td><td>env_nr</td><td>タンパク質アミノ酸配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr> | ||
2012年6月13日 (水) 04:36時点における版
- 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas
| データベース名 | アクセス名 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
| GenBank/GenBank-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期/日々 | |
| EMBL/EMBL-upd | 核酸塩基配列 | DBGET | 定期/日々 | |
| RefSeq/RefSeq-upd | 核酸塩基配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期/日々 | |
| EST_human EST_mouse EST_others | est_human est_mouse est_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-nt | nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| gss | gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| HTGS | htgs | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| dbsts | dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| patnt | patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 | |
| pdbnt | pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| NCBI nr-aa | nr | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| RefSeq-protein | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 定期 | |
| UniProt(TrEMBL. Swissprot) | uniprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| TrEMBL | trembl | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| Swissprot | swissprot | タンパク質アミノ酸配列 | DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
| pataa | pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| env_nr | env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| pdbaa | pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
| PDB | pdb | タンパク質立体構造 | FASTA, BLAST | 定期 |