「コンテナの利用」の版間の差分
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===ロードマップ=== | ===ロードマップ=== | ||
#<code>module load singularity/3.0</code> | #<code>module load singularity/3.0</code> : singularityモジュールの読み込み | ||
#<code>singularity build</code> でコンテナイメージファイルを用意 | #すでに.sifファイル(コンテナイメージファイル)があればそれを利用する | ||
#<code>singularity exec [options] your_image.sif [container's_options]</code> | ##当方で用意した.sif ファイル一覧[[.sifファイル一覧]] | ||
#なければ、<code>singularity build</code> でコンテナイメージファイルを用意 | |||
#qsub用スクリプトに <code>singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options]</code> を書く | |||
#実行 | |||
===BUSCO 5.1.3 の例=== | ===BUSCO 5.1.3 の例=== | ||
# | #BUSCOのWebサイト[https://busco.ezlab.org]から Docker container をクリック | ||
#https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated | #Docker hub のページ[https://hub.docker.com/r/ezlabgva/busco/tags?page=1&ordering=last_updated]から使いたいTAGをクリック | ||
#<code>singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1</code> | #タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う | ||
#bias5上で、<code>module load singularity/3.0</code> | |||
#「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する <code>singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1</code> | |||
#qsub用スクリプトの書き方 | |||
<pre> | |||
source /etc/profile.d/modules.sh | |||
module load singularity/3.0 | |||
singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10 |
2021年6月21日 (月) 06:53時点における版
ロードマップ
module load singularity/3.0
: singularityモジュールの読み込み- すでに.sifファイル(コンテナイメージファイル)があればそれを利用する
- 当方で用意した.sif ファイル一覧.sifファイル一覧
- なければ、
singularity build
でコンテナイメージファイルを用意 - qsub用スクリプトに
singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options]
を書く - 実行
BUSCO 5.1.3 の例
- BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
- Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
- タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
- bias5上で、
module load singularity/3.0
- 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity/3.0 singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10