RCCS

移行スケジュール

• 2024年3月末　新規利用者募集終了
• 2024年8月末　一般ユーザログイン終了
• 2024年9月末　bias5運用終了

申請方法とユーザーアカウント

RCCS公式サイト：　RCCS利用申請/利用報告に関する情報

• 申請は「提案代表者」が研究グループ単位で行います。複数の研究グループメンバーを同時に申請できます。
  • 利用資格は RCCS利用資格をご覧ください
• 学部学生、日本非居住者、企業に属する方は利用できません。
• 修士課程学生（6年制の5, 6学年含む）はメンバーになることができます

• 申請には NOUSを利用します
  • 基生研HP内の申請システムNOUSの使い方･申請内容別記入例も参考にしてください
  • 最初の「Select the institute」 で必ず「IMS: 分子科学研究所 - IMS-RCCS-A-ja 分子科学研究所[IMS]計算科学研究センター施設利用(A)」を選ぶこと
  • bias5から継続利用される方は、各種区分では必ず「基礎生物学」を選ぶこと
• 下記の「CPU点数について」も参照ください。

biasとrccsのシステムの違い

RCCS公式サイト： RCCS計算機利用の手引き

• 基本は上記を参考にしてください

ログイン方法

• sshの公開鍵認証を使用します。パスワードは使えません

分子生物学用アプリケーションとデータベース

• 下記のコマンドで生物学解析実行用の設定を読み込みます。

source /apl/bio/etc/bio.sh

• bias5と同様にmoduleコマンドが使えます

module avail

• データベースへのパス：

/apl/bio/db

キューイング（ジョブ管理）システム

• RCCSオリジナルのコマンドを利用します
• PBSコマンドとの対応表

PBSコマンド	RCCSコマンド	説明
qsub file_name	jsub file_name	ジョブを投入する
qstat -u my_account	jobinfo	自分のジョブの状態を表示
qstat -[ifrt]	jobinfo -s	ジョブの詳細を表示
qstat -Qf queue_name	指定したキューの設定と状態を表示
qstat	全てのジョブを表示
qstat -t	全てのジョブを表示（アレイジョブを展開）
qstat -u user_name	指定したユーザの全ジョブを表示
qstat -i -u user_name	指定したユーザの実行待ちジョブを表示
qstat -f jobID	実行待ちになっている原因を表示（アレイジョブの場合は jobID[] と記述）
qstat -r	実行中の全てのジョブを表示
qstat -nr1	実行中の全てのジョブを実行ホストと共に1行で表示
qstat -J	アレイジョブを表示
qstat -J -t -nr1	実行中のアレイジョブを展開して詳細も表示
qstat -x	24時間以内のジョブ実行履歴を確認
qdel jobID	指定したIDのジョブを削除
qdel -Wforce jobID	指定したIDのジョブを強制的に削除
qselect -u user_name	指定したユーザの全ジョブIDを表示
qselect -s Q -u user_name	指定したユーザの実行待ちジョブIDを表示
qhold jobID	指定したIDのジョブ（待機中のみ）をホールド
qrls jobID	ホールド状態のジョブをリリース
tracejob jobID	終了したjobIDの履歴を表示（当日のみ）

キューについて

• 1CPUあたりに使えるメモリ量が決まっています
• 全体で使うメモリ量を指定することはできません。
• 例）

CPU点数について

• 利用できるリソースは「CPU点数制」になっています。